Посёлок Шугозеро основан в 1927 году на южном берегу Среднего озера Шугозерской озёрной группы (бассейн Ладожского озера) из нескольких приходских деревень Спасского Шугозерского погоста, которые до 1917 года находились в Кузьминской волости Тихвинского уезда Новгородской губернии. Расположен посёлок в северной части Тихвинской низменности на песчаных невысоких камовых холмах, в 50 км к северо-востоку от Тихвина. В 1972 году тихвинский историк, археолог и основатель Тихвинского краеведческого музея Иван Павлович Крупейченко проводил раскопки близ посёлка Шугозеро, в результате которых были обнаружены древние захоронения, предположительно относящиеся к XI веку.
Шугозерский погост, ныне находящийся в центре посёлка, впервые упоминается в Писцовой книге 1583 года. Уже в те времена здесь стояла Спасо-Преображенская деревянная церковь. В 1721 году на погосте была построена новая клетская церковь в честь Преображения Господня с приделом Покрова Пресвятой Богородицы. В храме находилась местночтимая старинная икона Спаса Преображения, на обороте которой во времена литовского разорения была рублена солома. В храме также находилась почитаемая деревянная фигура, изображавшая Христа в темнице. После 1882 года она была крестным ходом перемещена в часовню деревни Машковской. В приходе храма находились 8 деревень, 32 часовни и крест на реке Паше.
В середине XVIII века было решено перенести погост на противоположный берег протоки, соединяющая Среднее озеро с Шугозером, на северную окраину современной деревни Мошково, где в 1785 году была построена новая Преображенская церковь. Новый погост стал называться Большим Шугозерским, а старый погост народ стал называть Малым Шугозерским.
В конце XIХ века в Шугозерском приходе были построены земское 2-х классное училище и уездная земская больница, которая работает и в наше время. В 1901 году была открыта Шугозерская библиотека уездного земства.
Обе церкви до 1917 года составляли один Шугозерский приход и находились в Третьем благочинном округе Тихвинского уезда. Храмы простояли до советского времени. Предположительно, при создании посёлка Шугозеро в 1930-х годах храмы были разрушены.
С 2005 года в посёлке действует новая церковь в честь Казанской иконы Божией Матери, своим обликом напоминающая Преображенский храм Мало-Шугозерского погоста.