Первоначально храм был построен в 1910 году на пожертвования жителей с. Шелаболиха. Во время богоборческой власти в 1929 году с храма были сняты Кресты и сброшены купола. В 1950 – 1953 годах здание было переоборудовано под клуб. 28 ноября 1989 года была вновь организованна православная община. Жители села начали собирать документы для возвращения храма верующим. В ноябре 1994 года было совершено первое Богослужение. Первым священником после передачи храма был иерей Евгений Елесеев (ныне настоятель Андреевской церкви г. Барнаула).
В 1998 году указам Преосвященного Антония (Масендич) настоятелем храма был назначен иерей Алексий Бурдовицын. Отец Алексий начал заниматься реставрацией храма, но не хватало финансов. В 2003 году предприниматель, уроженец села Шелаболиха, а в дальнейшем глава Шелаболихинского района Орехов Владимир Александрович, взял все финансовые расходы на себя. Уже 23 ноября 2004 года Преосвященным Максимом (Дмитриевым) был совершен чин великого освящения храма.
Источник: Храм в честь святых Апостолов Петра и Павла — Славгородская епархия