Название села, как часто бывает, отражает географическое положение села - расположенное за рекой Понорь. Деревня Запонорье впервые упоминается в 1587 году. Деревня находилась на земле, принадлежавшей московскому Чудову монастырю. Упоминается и другое название: «Запонорье, Власьевское тож». В XIX веке село Запонорье являлось административным центром Запонорской волости Богородского уезда Московской губернии.
В селе находилось волостное правление, церковно-приходская школа, Покровская церковь и старообрядческая часовня. В 1852 году в селе насчитывалось 72 двора и 391 житель. В 1862 году в селе проживало 359 человек (168 мужчин и 191 женщина). В 1899 году в селе проживало 409 человек. В 1925 году численность населения составляла 611 человек, в селе было 115 дворов. Покровская церковь была закрыта в 1940 году, а к 1948 году снесена. Не сохранилась и часовня.
Современная деревянная часовня построена в 2011 году. Часовня старообрядческая, Белокриницкого согласия (белокриничники). По преданию, на месте этой часовни располагалось старое кладбище.
По материалам: