В 1645 г. на берегу Исети была основана пустынь. По преданию, её основатель старец Рафаил. В месте впадения в Исеть небольшой речки (Ялынка) лодка старца остановилась и, несмотря на усилия гребцов, не двигалась с места. Старец, воззрев на небо, стал возносить молитву и на высоком берегу увидел Царицу Небесную, которая приказала остановиться здесь и основать обитель.
В 1657 г. пустынь переросла в большой мужской монастырь во имя Живоначальной Троицы. Знаменитая на всю округу красивая каменная церковь с четырьмя престолами имела звонницу в сорок саженей (85 метров), стояла на берегу реки, на пригорке.
В 1740-х г. при монастыре была основана школа церковной грамотности митрополитом Антонием (Нарожницким), в которой в 1748 г. было семь учащихся. В школе преподавались чтение, письмо и катехизис.
В 1769 г. в монастыре был построен храм с четырьмя престолами: во имя Святой Троицы, в честь Усекновения главы Иоанна Крестителя, в честь Казанской иконы Божией Матери, в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
До 1804 г. Рафаиловым монастырем управлял игумен Андрей: строил и перестраивал здания обители, наставлять братию и возвращал в лоно православной церкви старообрядцев, заполонивших тогда Исетскую провинцию. Затем, по решению архиепископа вместе с братией монастыря переведен в Иоанно-Введенский монастырь, где отказался от настоятельской должности, и ушел в Московский Симонов монастырь. В 1984 г. по благословению святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Пимена 31 местночтимый сибирский подвижник вошел в Собор Сибирских святых.
В 1892 г. на месте бывшего Троицкого монастыря была образована Рафаиловская женская община в честь Успения Пресвятой Богородицы, в начале XX века преобразованная в женский Успенский монастырь.
В 1939 г. была снесена колокольня, монастырский храм взрывали дважды, от него остался лишь фундамент. Из церковного кирпича был построено здание райкома партии в селе Исетском. В 1950 г. было объявлено о полном исчезновении обители.
На высоком холме, где стояла обитель построили здание школы. Там, где сейчас находится школьный гараж, раньше было монастырское кладбище.
В 2007 году на месте, где старцу Рафаилу явилась Божия Матерь, в память об обители был установлен поклонный крест. 22 мая 2010 г. была создана православная религиозная группа, которая взялась за восстановление единственного уцелевшего здания монастыря. Сначала здесь был организован молебный дом, а затем проведен капитальный ремонт с установкой куполов и строительством колокольни. Это здание построил в 1744 г. купец Василий Поздняков и отдал его в распоряжение монастыря для обучения детей грамоте. Он же возвел каменный Троицкий четырехпрестольный монастырский храм и колокольню, не сохранившиеся до настоящего времени.
«Путешествие в историю. Рафайловский монастырь во имя Живоначальной Троицы»; http://safe-rgs.ru/6089-rafaylovskiy-monastyr-vo-imya-zhivonachalnoy-troicy.html