К началу 1880-х гг. в с. Пенькове было 2 церкви - деревянная Никольская 1790 г. постройки и каменная Рождества Богородицы, 1757 г.; служил священник Иоанн Мальцев, выпускник Новгородской духовной семинарии 1865 г. В 1885 г. о. Иоанн приступил к строительству на месте деревянного храма каменного трехпрестольного, явно по индивидуальному проекту. Прослужив в с. Пенькове 25 лет, о. Иоанн принял постриг с именем Иоанникий, и храм достраивал его преемник. Главный престол каменного храма был освящен 19 декабря 1893 г., на отделку боковых приделов ушло еще 2 года. Престолы во имя Рождества Богородицы и в честь Казанской Её иконы были освящены 10-11 декабря 1895 г. На торжество прибыл бывший настоятель храма, настоятель Большого Тихвинского монастыря архимандрит Иоанникий.