Освящение новопостроенной церкви в честь Покрова Пресвятой Богородицы в деревне Глубокой было совершено 26 сентября 1916 года. Первоначально храм числился приписным к Никольской церкви села Леньковского. Указом Св. Синода от 17 марта 1917 года при Покровской церкви был открыт самостоятельный приход с причтом в составе священника и псаломщика и содержанием причта на местные средства.
Храм был закрыт по решению оргкомитета № 3625 от 15 августа 1939 года. О судьбе здания сведений нет.
По материалам: Томские епархиальные ведомости, 1916, №21, часть офиц., с.599; 1917, №9, часть офиц., с.184.