Приход Аруссааре был образован в 1871-ом году. Первым священником стал отец Михаил (Чихачев). До 1873го года богослужения проводились в различных приусадебных зданиях, в том числе в солдатской казарме при мызе Кяо, в винокурне примызе Лоопре. С 1857-го года, в течение шестнадцати лет - в одном из амбаров при усадьбе Аруссааре. Компактное здание каменной церкви было построено в 1873-ем году. План имел греческий крест в основании, архитектурный стиль постройки можно было охарактеризовать как подражание византийскому зодчеству. Церковь была построена по распоряжению Министерства внутренних дел и при финансировании из государственной казны. У церкви не было колокольни, стены храма были возведены из бута, который часто применялся при строительстве эстонских православных храмов. А в качестве угловой отделки был использован оштукатуренный известняк. В 1855-ом году приход получил землю для открытия собственного кладбища. В 1845-ом году была открыта церковно-приходская школа. В советское время приходу удалось избежать закрытия, однако длительное время в приходе не было своего священника. В период с 1933-го по 1940-ой года обязанности священнослужителя в приходе исполнял выпускник псковской духовной семинарии протоиерей Виктор Линд, а с 1969-го года находится в ведении попечителей. В начале XXI века, при финансировании государственной программы поддержки церквей, была отремонтирована крыша храма.