10 декабря 1996 года было проведено первое приходское собрание, которое положило начало приходу Свято-Никольской церкви. 2 января 1999 года епископ Симон привёз в город Заозерск миро от мощей святителя Николая — покровителя города, храма и моряков-подводников. 15 августа 1999 года было освящено место для будущего храма, воздвигнут крест, а 18 марта 2000 года владыка Симон освятил храм. Деревянная церковь была поставлена мастерами города Каргополь Архангельской области. Храм является памятником воинской доблести и служения Отечеству в память погибших подводников. На западной стене храма есть памятная доска с именами воинов-подводников, отдавших в разные годы свою жизнь за Родину. Был изготовлен иконостас для храма, который освящен в 2001 году. Отлиты колокола в г. Воронеже.

Приход взаимодействует с воинскими частями гарнизона. Стало традицией совместное участие в праздничных мероприятиях в День Подводника, День Победы и траурном поминовении в день гибели АПЛ «Комсомолец».