История Русской Православной Церкви в Нидерландах и непосредственно храма св. Марии Магдалины начинается с брака великой княгини Анны Павловны (1795-1895) и Виллема Фредерика Джорджа Людвига принца Оранского, впоследствии короля Вильгельма II (1792-1849). Анна Павловна - дочь императора Павла I и императрицы Марии Федоровны, сестра будущего императора Александра I. Обручение великой княжны Анны Павловны с наследным принцем Оранским состоялось 28 января 1816 г., а 9 февраля того же года в церкви Зимнего дворца было совершено их бракосочетание. Каждый из супругов сохранял принадлежность к своему вероисповеданию. И вскоре после переезда Анны Павловны в Голландию, в Гааге было начато устройство домового православного храма. От брата великая княгиня получила в дар походную церковь времен Отечественной войны 1812 г. и штат клириков.
За время пребывания Анны Павловны в Голландии сначала в качестве супруги наследного принца, а потом и правящей королевы, её домовая церковь пять раз меняла своё местонахождение. Первоначально она располагалась во дворце в Гааге, в том здании, где сейчас находится Верховный совет Нидерландов. Позднее храм был перенесён в город Апельдорн во дворец Хет Лоо, вокруг которого был разбит сад, в точности повторяющий парк Павловского дворца. Потом королева опять вернулась в Гаагу, где её церковь снова располагалась на втором этаже дворцового здания. После смерти короля Виллема II Анна переехала во дворец Рустенбюрг в Гааге, где на первом этаже был устроен храм. Там он находился и после её смерти в 1865 г., и вплоть до сноса здания в 1906 г. На этом месте построили Дворец Мира, в котором размещается Международный суд (современный Гаагский трибунал), а храм был перенесён в частный дом на улице Вазерстраат, где он располагался с 1911 г.
В 1922 г. церковный участок был продан, а на вырученные деньги был приобретен дом на Sweelinckstraat 54, там в первом этаже разместили часовню. Позднее был приобретен смежный участок на Obrechtstraat 9, где стало возможно строительство церкви, закладка которой состоялась 9 июня 1937 г. На этом месте старейший действующий русский православный храм в Нидерландах находится и поныне. В нем располагается исторический иконостас. Золотая церковная утварь в настоящее время является собственностью Королевской семьи и выдается РПЦ для торжественных богослужений.
По материалам сайтов ruskerkdenhaag.wordpress.com, orangesmile.com, sedmitza.ru