Кирилл Скифопольский в житие преподобного Саввы Освященного так говорит об обретении Богозданной пещеры и освящении в ней церкви:
"Также в некоторую ночь блаженный Савва вышел из пещеры своей, и читая псалмы Давидовы шел один в долину. Вдруг над западным утесом потока, где ныне лежат честные его мощи, посреди двух церквей, которые ныне там находятся, увидел он огненный столб, утвержденный в земле, вершиною же своею касающийся неба. Увидевши сие страшное зрелище, устрашившись и вместе возрадовавшись о сем, он рассуждал о том, что сказано в Писании о лестнице, представившейся патриарху Иакову, и говорил: коль страшно место сие, несть сие, но дом Божий (Быт. 28, 17). Пробывши в молитве на сем месте даже до рассвета, он со страхом и великою радостью взошел туда, где виден был огненный столп. Там нашел он великую и удивительную пещеру, которая внутри имеет вид церкви Божьей: ибо в сей пещере с восточной стороны находится Богом созданное отделение со сводом. С северной стороны Савва нашел великий дом на подобие той служебной палаты при церквах, в которой хранятся церковные вещи. С южной стороны он увидел широкий вход в пещеру, и входящий в нее довольно обильный свет от солнечных лучей. Сию пещеру при содействии Божьем он украсил и повелел совершать в ней богослужение в субботу и в воскресный день... Впрочем, освящение упомянутой пещеры, то есть созданной Богом церкви, он отлагал потому, что не хотел принять рукоположения в пресвитера или вообще быть посвященным в служители церкви... Архиепископ, освятивши созданную Богом церковь, в том созданном от Бога отделении оной, которое было со сводом, поставил освященный жертвенник, под который положил весьма много мощей святых и добропобедных мучеников. Сие происходило месяца декабря, двенадцатого дня, четырнадцатая индиктиона на пятьдесят третьем году жизни блаженного Саввы в то время, как умер царь Зенон и начал царствовать Анастасий."
Первоначально церковь, по всей видимости, была освящена в честь Богородицы. Затем, после строительства Кафоликона (соборного лаврского храма во имя Благовещения Пресвятой Богородицы) пещерную церковь посвятили свт. Николаю Чудотворцу. Сейчас за стеной северного зала пещеры, за решетчатыми воротцами, находится монастырская костница, в которой собраны честные кости многих и многих отцов Великой лавры.
