Первая церковь у колодца Иакова была построена ок. 330 г. Самаритяне разрушали храм во время восстаний 484 и 529 гг. По приказу императора Юстиниана (VI в.) он был отстроен заново и простоял вплоть до IX в. В Средние века бенедиктинцами из Вифании, которым покровительствовала королева Мелисенда, у колодца Иакова был построен монастырь и новый храм. Колодец был укрыт в крипте храма, к нему вели две каменные лестницы. После установления мусульманского правления христиане покинули монастырь и он был вновь разрушен.
В 1893 г. греки из Иерусалимского Патриархата начали восстанавливать верхнюю церковь. Были возведены ее стены, но на завершение строительства не хватило средств и в таком виде храм простоял более ста лет. В 1979 г. настоятелем монастыря был назначен архим. Филумен, он начал совершать богослужения в крипте у колодца Иакова. Здесь 29 ноября 1979 г. он был зверски убит ударами топора, которые нанес ему религиозный фанатик иудей, требовавший убрать крест и святой престол от колодца.
Храм все же был достроен в 2007 г. преемником Филумена, нынешним настоятелем архим. Иустином. Нетленные мощи сщмч. Филумена почивают у южного придела верхнего храма, освященного в его честь. Главный престол освящен в честь мц. Фотинии (под этим именем Православная Церковь почитает самарянку, беседовавшую у колодца с Господом), северный престол - в честь св. Иустина Философа, рожденного в Наблусе в 100 г. Настоятель монастыря архим. Иустин добился от Ватикана возвращения в Наблус водонса св. Фотинии, который был вывезен в Европу при крестоносцах. Мраморные и порфировые колонны Юстинианова храма установлены во дворе церкви. Отсюда же можно видеть вершину горы Гаризим, на нее указывала Господу самарянка (Ин. 4:20).
Воробьев П.В., иером. Нектарий (Соколов) "Святыни и древности Святой Земли. Путеводитель по Израилю и Палестине". - СПБ, 2017.