Первый храм на этом месте был основан в IV веке во время правления императора Константина. По свидетельству блаженного Иеронима (342—420), в годы его жизни в Палестине (с 380 гг. до самой кончины) в Назарете существовало два храма, посвященных Благовещению: один на месте Благовещения Архангелом Гавриилом и другой, где жило Святое семейство. Эти свидетельства подтверждает в своем рассказе «о Святых местах» (около 670 г.) западный паломник Аркульф, сообщивший о церкви на месте дома, находящегося рядом с источником и в котором воспитался Господь Иисус Христос, и о церкви, построенной над домом, в котором произошло Благовещение. Также эти сведения сообщает в одноимённом сочинении (около 720 г.) Беда Достопочтенный.
Западный святой Виллибальд (около 723—726 гг.) свидетельствует о двух церквях, добавляя при этом, что со стороны сарацин были покушения разрушить церковь над источником. Однако впоследствии мусульмане разрушают храм, и в воспоминаниях западного паломника Зефульфа, посетившего Святую Землю в 1102—1103 гг., сам Назарет описывается опустошенный сарацинами, а источник окружен только колоннами и плитами. О «круглой церкви» на этом месте, украшенной колоннами и мрамором, свидетельствует игумен Даниил — русский паломник, посетивший Святую Землю в 1106 году, причем теперь он к источнику приурочивает первое Благовещение, не упоминая о доме Иисуса рядом с ним, а дому Пресвятой Богородицы — только место, где Богородица получила благую весть о рождении Христа.
Об источнике, бьющем в церкви, вспоминает греческий паломник, священник Иоанн Фока в 1177 году и также относит первое приветствие от архангела Гавриила к источнику, а непосредственно Благовещение и Боговоплощение — к дому Иосифа. Эта традиция сохраняется в русских путеводителях и до настоящего времени. Султан Бейбарс в XIII веке уничтожил все храмы города.
Современная церковь была построена в 1750 году при значительной помощи из России. В ней используются элементы более древних сооружений. Над источником в крипте храма — почитаемый образ «Благовещение у кладезя». На пожертвования одного из греческих купцов, мастером Андреем в 1767 году, был изготовлен резной позолоченный иконостас из дуба. Помещения церкви во 2-й половине XIX века приходят в запустение и ветхость.
В конце XIX века, при содействии Императорского православного палестинского общества храму были собрана необходимая сумма для ремонта и обновления храма. Обществом храму Благовещения были пожертвованы: золотая лампада, помещенная над местом Благовещения и иконы Благовещения и Целования Пресвятой Богородицы и св. прав. Елисаветы, выполненные начальником Троице-Сергиевой иконописной мастерской — иеромонахом Симеоном. Также Общество строит паломническое подворье для русских паломников, рядом с православным храмом Благовещения над источником Пресвятой Богородицы в 1904 году. Роспись стен храма в древнем византийском стиле выполнена в 1977-1978 гг., румынскими художниками Михаилом и Гавриилом Марасанами.
Источник: Юрий Полторак. Назарет и окрестности. Кафр-Кана, гора Фавор, Наин, Циппори. — Издательство Евгения Озерова, 2013.