Село Заплавное было основано в конце 18 века на берегу одноименного озера.

В 1837 году была построена деревянная, не отапливаемая церковь во имя Казанской иконы Божией Матери, она вмещала 800 человек. По преданию, центральная часть здания церкви была перевезена из соседнего села Покровка.

В 1907 году ввиду тесноты и ветхости церкви сельское общество постановило построить на общественные средства новый храм во имя Иоанна Крестителя и отремонтировать старую, Казанскую церковь. Сельское общество обязало каждого жителя привезти строительные материалы для проведения работ. После реконструкции Казанская церковь была расширена и стала вмещать 1200 человек, к ней была пристроена колокольня.

В 1937 году обе церкви в селе были закрыты, храм Иоанна Крестителя был разрушен, а на его месте позже был построен дом культуры. Из Казанской церкви были вынесены иконы и отданы жителям на растопку печей. Царские врата были отданы в школу для использования их в качестве классных досок. Но прихожане смогли спасти и сохранить и врата, и большинство икон, и иконостас, которые вернулись на свое место в церкви сразу после ее открытия в 1947 году.

Удивительна история возвращения напрестольного Евангелия, большого, красивого, в жёлтом металлическом окладе, с золотым образом, сделанном в 1859 году - его более 100 лет назад пожертвовали церкви члены семьи Косякиных, привезшие Евангелие из паломнической поездки в Иерусалим. После разорения Казанской церкви Мария Ивановна Косякина забрала Евангелие и замуровала его в стене собственного дома. К ней после доноса приходили с обысками, но ничего не нашли - святыня была сохранена, и после возобновления богослужений Евангелие было возвращено в церковь. В церковь были также возвращены иконы и церковная утварь из других разоренных и разрушенных церквей.

Ремонт Казанской церкви после возвращения ее верующим начался в 1953 году. Тогда в церкви служил протоиерей Стефан Акашев. Поскольку власть не разрешала делать внутреннюю роспись в церкви, то отец Стефаний нанял художника и заказал ему написание икон на дому, по мере их готовности иконы незаметно для всех устанавливали на нужное место в церкви. Так необычно была выполнена роспись храма. Окончательно своё нынешнее лицо храм обрёл трудами и усердием отца Стефана. Есть в церкви особо почитаемая Иверская икона Божией Матери. Одна прихожанка молилась перед ней ежедневно, прося послать исцеление от падучей своему сыну. Сын прихожанки исцелился, после чего прихожанка заказала и пожертвовала иконе посеребренный оклад. После этого икона считается чудотворной.