Храм построен в центре села, на историческом месте, где стояла первая на Чукотке церковь. Православный храм во имя святителя Николая Чудотворца в чукотском селе Марково был освящён 15 мая 1862 года. Здание было построено полностью из тополёвого леса, в годы революционного лихолетья было разрушено. Марковская церковь долгое время оставалась единственной на Чукотке - здесь возникла первая на Чукотке церковно-приходская школа, а сам храм долгое время был миссионерским центром по просвещению чуванцев, эвенков, коряков и чукчей. Вместе с возрождением церковной жизни с конца XX века храм был вновь обустроен, теперь в небольшом приспособленном помещении.
После отстранения от управления Анадырской епархии епископа Диомида в 2008 году храм был на некоторое время опечатан представителями светской администрации, и остался в ведении назначенного священноначалием в качестве временного управляющего Анадырской епархией Хабаровского владыки Марка.
В апреле 2011 года село посетил епископ Анадырский Никодим (Чибисов), тогда же было выбрано место для строительства нового храма. В конце того же года из Иркутска в анадырский морской порт был доставлен в разобранном виде новый храм для Маркова. Сруб из ангарской лиственницы, диаметром бревна в 35 см. Главным организатором строительства храма является благотворительный фонд "Возрождение", возглавляемый Петром Николаевичем Албитовым, возведение храма берет на себя фирма "Экорт-Строй". Все средства, потраченные на строительство храма - исключительно добровольные пожертвования граждан и организаций.
17 декабря 2013 года состоялось открытие и освящение нового храма, которое возглавил епископ Анадырский Серафим при большом стечении прихожан и гостей. Владыка преподнес в дар приходу икону святителя Николая, которая была привезена им из итальянского города Бари. К открытию храма были доставлены колокола и иконостас, но многая другая утварь еще находилась Москве.
Источники: http://drevo-info.ru/articles/15815.html; сайт Анадырской и Чукотской епархии http://www.anadyr-eparhia.ru/