Географическое положение и традиционные связи с православной культурой послужили тому, что в 1898 году в небольшом городке с населением немногим более 5 тысяч человек, наряду с католическим костёлом, была возведена православная соборная церковь Святой Троицы. Согласно некоторым источникам, строительство храма началось в 1842 году, когда был официально учреждён православный приход в Швянчёнисе, и продолжалось более 50 лет, и первоначально церковь носила название церкви Святого Николая Чудотворца. При храме вскоре открылось несколько церковно-приходских школ. Церковь строилась на средства государственной казны и местных меценатов. Автором проекта стал известный русский архитектор Михаил Прозоров, который к моменту окончания строительства был главным архитектором православной епархии в Литве. Его авторству принадлежат более 50 зданий в столице.
Каменная церковь Святой Троицы построена в русско-византийском стиле, основанном на соединении византийской архитектурной традиции с элементами древнерусского зодчества. Главную особенность византийской храмовой архитектуры составляет центрально-купольная система, которая легла в основу проекта церкви в Швянчёнисе. Центральный купол храма больше остальных по размеру, и все купола опоясаны оконной аркадой. Внутреннее помещение храма не разделено и создаёт ощущение простора. В течение долгого времени православный приход Швянчёниса возглавлял протоирей Владимир Жебровский, при котором в 1928 году был проведен внешний ремонт храма.
С церковью Святой Троицы связано имя одного из самых почитаемых православных священнослужителей – Александр Афанасьевич Данилушкин. Как многие «служители культа», в 1937 году он был арестован НКВД, с трудом избежал смерти, в 1943 был вновь арестован, на этот раз немецкими спецслужбами, и отправлен в лагерь. Одной из самых ярких страниц жизни Александра Данилушкина является богослужение в Алитусском лагере для военнопленных. В 1943 году он, в числе трёх пленных священников, отслужил в лагере Божественную литургию, которая духовно поддержала находившихся там военнопленных в самые трудные часы, и выжившим запомнилась на всю жизнь. Об этом богослужении за колючей проволокой стало известно митрополиту Виленскому и Литовскому Сергию, он добился освобождения сидевших в лагере духовных лиц. По просьбе Александра Данилушкина он был зачислен в штат Виленской и Литовской епархии, и вскоре направлен служить в Храм Святой Троицы в Швянчёнисе. Отец Александр был настоятелем храма с 1943 по 1978 годы, а после своей кончины был отпет в храме, которому он посвятил всю жизнь, и похоронен на православном кладбище в Швянчёнисе.
Советской властью церковь была официально зарегистрирована в 1947 году, тогда она имел около 100 постоянных прихожан, и такое количество сохраняется до сих пор. Ежегодно 30 сентября в Свято-Троицкой церкви служат панихиду и литургии по отцу Александру, в которых, как правило, участвует церковный хор из Висагинаса. В храме проходят воскресные богослужения, отмечаются православные праздники, на которые съезжаются прихожане не только из Швянчёниса, но и из окрестных мест. Сегодня церковь Святой Троицы остро нуждается в ремонте: появляются трещины, приходят в негодность крыша, главный купол и звонница. Прихожане храма ищут финансовые источники для реставрации здания, одного из знаковых в Швянчёнисе, которое свидетельствует о духовных традициях и межконфессиональной толерантности небольшого литовского городка.
