Приход церкви святителя Николая был образован в 1988 году и зарегистрирован как Православная церковь Всех Святых. Службы проводились в перестроенном под храм деревянном молитвенном доме, приобретенном протоиереем Николаем Мульковым. В 1993 году приход церкви Всех Святых был перенесен в новый храм. 27 апреля 1994 года приход впервые был зарегистрирован как церковь Николая Чудотворца.
С 2004 года началось строительство нового храма Николая Чудотворца. Привязку проекта осуществила руководитель проектной организации ООО «АКЦентр» Кочанова Людмила Юрьевна. В 2009 году благочинным междуреченского округа протоиереем Николаем Бурдиным был отслужен торжественный молебен, и совершено освящение крестов. Центральная глава и крест были установлены на купол нового храма.
19 декабря 2011г., в день памяти святителя Николая Чудотворца, епископ Кемеровский и Новокузнецкий Аристарх совершил освящение Свято-Никольского храма в г. Междуреченске. Его Преосвященству сослужило духовенство первого Кемеровского и Междуреченского благочиний.