В 1892 г. крестьяне села Нюненга подали прошение о строительстве новой деревянной церкви вместо обветшавшей часовни. Храмозданная грамота была выдана в 1893 г. План церкви составил священник Кирилл Иванов. Крестьянам этот план не понравился и они просили его переделать. Новый план был составлен в 1894 г. гр. Ермолиным и одобрен строительным отделением со значительными изменениями, которые были внесены губернским архитектором Краупсом непосредственно на проекте. Изменения касаются не только объемно-пространственной композиции, но и композиционного решения фасадов. Так, прямоугольная апсида была переделана в пятигранную, соответственно была изменена её кровля, выступающий по отношению к трапезной притвор, стал равный ей по ширине. Были убраны окна второго света четверика, оконные проемы апсиды, трапезной и притвора были несколько сдвинуты со своих первоначальных осей.
По неизвестным причинам строительство церкви было начато только в 1901 г., в том же году 21 июня храм был освящён. Единственным существенным отступлением от проекта при строительстве церкви было то, что её срубим на половину сажени (приблизительного 107 см) в длину меньше, чем предусмотрено планом.
В 1903 г. сруб был обшит пиленым тесом, в 1904 г. фасады покрашены белилами, а крыша медянкою. Как написано на восточном бревне колокольни под кровлей "1904 г. августа 4 дня маляръ АН.Т."
В 1910 г. в церкви производился ремонт, о работах, которые были проведены, сведений нет (в архиве дело отсутствует).
Ильинская церковь была приписана к Устьпаденгскому приходу, а позднее к Шалошскому приходу. Деревянная церковь расположена на высоком обрывистом правом берегу реки Ваги и обращена к ней западным фасадом. К северу от нее в 150-200-х метрах находится деревня Нюненга. Берег открытый, лишь вдали к востоку от церкви виднеется лес. Здание хорошо видно с реки и противоположного берега.
Сруб рублен "в обло" с остатком и поставлен на большие необработанные валуны. Фасады обшиты досками со следами покраски. Продольно-осевая композиция здания складывается из храма, примыкающей к нему с востока пятигранной апсиды, с запада небольшой трапезной и притвора со звонницей. Объемы апсиды, трапезной и притвора несколько уже храма и понижены по отношению к нему. Храм односветный бесстолпный четверик завершен высокой, типа колпак, кровлей, над которой была устроена глава (утрачена). Кровля апсиды пятискатяая, общая кровля трапезной и притвора - двускатная. Покрытие всех кровель тесовое. Над притвором устроена небольшая звонница на четырех столбах, перекрытая колпаком, на который поставлена граненая глава на шейке в виде небольшого четверика. Центральный столб звонницы является конструктивной основой главы и кровли. Архитектура здания не имеет ярко выраженной стилистической направленности, но близка по своему характеру к приемам позднего классицизма. Невысокий цоколь обшит небольшими дощечками, имитирующими квадровый руст, и имеет волоковые окна - продухи. Обшивка основных объемов имитирует ленточный руст. Поперечная ось храма акцентирована тройным окном.
Все оконные проемы прямоугольные, украшены рамочными наличниками. В окнах сохранились металлические кубовато-волнистые решетки. Стены завершаются гладким фризом и небольшого выноса венчающим карнизом, которые украшены резными подзорами. Западный фасад завершен щипцом. На четверичке барабана главы звонницы нарисован циферблат часов.
Вход в церковь расположен в центре западного фасада и ведет в небольшой притвор, где с северной стороны располагалась лестница на ярус звона. Храм с апсидой и трапезной сообщаются большими проемами, причем проем в трапезную имеет трапециевидную перемычку. Внутри во всех помещениях бревна сруба отесаны, перекрытия плоские, полы из широких деревянных плах. От каркасного иконостаса сохранилась верхняя и боковые части рамы. Иконостас трехъярусный. Рамы для икон первого яруса имеют полуциркульные перемычки, второго - круглые, третьего - с килевидным завершением. Третий ярус отделен от первых двух раскрепованным карнизом.
Здание является типичным примером небольшой сельской деревянной церкви. Объемно-пространственная композиция и архитектура здания характерны для культового деревянного зодчества Шенкурского района второй половины XIX - начала XX столетия и повторяется с небольшими вариациями во многих памятниках.
Утрачено крыльцо и глава храма и главка, апсиды, частично утрачено покрытие кровли храма и трапезной, оторвана обшивка на трапезной и притворе до начала оконных проёмов, частично разрушена глава колокольни, сама звонница покосилась. В интерьере разрушена центральная часть нижних ярусов иконостаса, утрачены иконы, в храме прогнили и частично провалились полы, сломана лестница на звонницу и перегородки в притворе.
Реставрационные работы не проводились.
По материалам архива ГАУ «Научно-производственный центр по охране памятников истории и культуры»; http://arhispovedniki.ru/gallery/
