Впервые церковь в с.Апраксино упоминается в 1629-1630 годах, когда в селе стояли два деревянных храма- в честь Рождества Пресвятой Богородицы (летний) и Ильинский с приделом во имя св.благ.царевича Димитрия Угличского и Московского (зимний). Оба этих храма были построены Костромским Богоявленским монастырём, во владении которого село находилось, начиная по-меньшей мере с конца 16 века и вплоть до 1764 года.
В начале 90-х годов 17 века по инициативе тогдашнего настоятеля монастыря архим. Корнилия взамен деревянных в Апраксине был возведён каменный пятиглавый храм с колокольней, освящённый в 1695 году (в границах современного Костромского района он является древнейшим каменным храмом). В него были перенесены три престола из деревянных церквей: 1) в холодном четверике - в честь Рождества Пресвятой Богородицы, в тёплой трапезной; 2) правый - во имя свт. Николая Чудотворца, 3) левый - во имя св. Илии Пророка. Церковь закрыли в 1937 году, после этого церковное здание перестроили под школу. В настоящее время в древнейшем каменном храме района размещается неполная средняя школа.
Н.А. Зонтиков "Храмы Костромского района"