Стараниями настоятеля Глинской пустыни, преподобного архимандрита Иннокентия (Степанова), обитель приобрела для своих нужд Сеймские мельницы, которые располагались на окраине Путивля, ниже по течению реки. Со временем на том месте о бразовалось монастырское подворье. До наших дней сохранился большой двухэтажный деревянный корпус для братии, обслуживавшей мельницы. В 1893 году на втором этаже корпуса, в восточной его части, был устроен храм в честь Архистратига Михаила. Снаружи его алтарную часть отмечала маленькая главка на глухом барабане, увенчанная крестом.
До тех пор, пока вблизи Глинской пустыни не была проложена железная дорога, все богомольцы, ехавшие поездом в пустынь, добирались до станции "Путивль", откуда их забирали монастырские подводы с подворья, а уже оттуда начинался путь в сам монастырь.
По описи 1911 года церковь значилась как "тёплая, однопрестольная, крепкая и исправная". Хотя храм находился на некотором расстоянии от Путивля. богослужения в нём, согласно воспоминаям современников, посещали исключительно горожане.
Тут, на мельницах, трудился монах Евгений, отличавшийся святостью жизни (рассказ о нём см. в кн. "Отечественные подвижники благочестия", Май, с. 78-86 или "Глинский патерик")
Здесь же с 1918 по 1922 год полагал настоящее и деятельноеначало высокодуховной жизни и подвига великий глинский старец преподобный Андроник (Лукаш). В народной памяти до сих пор сохраняется имя ещё одного подвижника, подвизавшегося здесь же - отца Гамалиила (Эмануила), могила которого находится на Пригородно-Слободском кладбище и пользуется особым почитанием.
В сентябре 1922 года Глинская пустынь и Путивльский Молченский монастырь были закрыты. Монахи упразднённых обителей (около 40 человек) взяли мельницы с храмом в аренду и продолжали нести монашеский подвиг, теперь, правда, в качестве мукомольной артели. В храме регулярно совершались все уставные богослужения, а по некоторым данным, в этот период здесь служил сщмч.Павлин (Крошечкин).
То, что на мельницах продолжались службы, конечно же не устраивало местную власть, поэтому сюда направлялись одна за другой комиссии, артель была обложена тяжелейшим налогом, однако монахи крепко держались за этот осколок Глинской пустыни и всеми силами отстаивали своё право жить и молиться по-монашески. В 1925 году артель была распущена, вместо иноков набраны светские работники. Со временем мельницы и все корпуса (кроме того, где находился храм) были разобраны. В настоящее время дом используется как жилой.
На берегу реки Сейм, выше по течению от бывшего подворья, частично сохранилось небольшое кладбище, где хоронили трудившихся на мельницах монахов и послушников.
