В 1718 году в с. Анатыш была построена деревянная церковь Богоявления, а в 1798 году рядом с ней была построена еще одна – в честь Владимирской иконы Божией Матери. Обе церкви простояли довольно долгое время и были разобраны из-за ветхости. В 1903 году на их месте был построен каменный однопрестольный храм, освященный в честь Владимирской иконы Божией Матери.
В 30-е годы XX века храм был закрыт и разграблен. В 1991 году он был вновь передан Казанской епархии, и в 1994 году после проведения восстановительных работ в нем возобновились богослужения. В 2003 году храм был освящен архиепископом Казанским и Татарстанским Анастасием.