Монастырь был основан в конце ХV – начале ХVI веков среди обширных лесных угодий, на реке Сохоть, в 36 километрах к северу от Пошехонья. Основателем и первым игуменом монастыря стал постриженик Воскресенского Череповецкого монастыря Севастиан, позже прославленный в лике преподобных. О преподобном Севастиане известно немного. Он получил благочестивое воспитание в родительском доме, выучился грамоте и рано стал иноком. Текст его иконографии сообщает, что он «подобием рус, брада аки Василия Великого, и в схиме». Долгие годы жил преподобный в отшельничестве, среди дремучих Сохотских лесов. Со временем люди, привлеченные подвижничеством святого, стали селиться рядом. Святой построил деревянный храм в честь Преображения Господня и основал общежительный монастырь.
Преподобный Севастиан был настоящим подвижником. Жил в маленькой, тесной келье, которую построил своими руками. «Сам носил воду, молол жито, пек хлебы, прял волну, плел вервие». Трудясь с преданностью воле Божией, преподобный советовал ученикам своим: «Братия, терпите скорби и беды, да избудете вечныя муки». О кончине преподобного Севастиана в рукописных святцах «Книга о российских святых» сообщается, что «Преподобный Севастиан священноинок и начальник Преображенского монастыря на Соготи реке, Пошехонский чудотворец преставился в лето 7050 (1542 года). Мощи святого покоились в храме открыто, но во время польско-литовского нашествия были скрыты под спудом. Известно, что над мощами преподобного местные жители поставили деревянную часовню, на месте которой в 1853 году петербургским купцом Петром Денисовым была сооружена деревянная церковь с шатровой колокольней, освященная 9 января 1856 года в честь Севастиана Пошехонского.
В 1697-1702 годах обитель числилась за Вологодской епархией, с 1725 года была приписана к Череповецкому Воскресенскому монастырю Новгородской епархии. В 1764 году, при учреждении монастырских штатов, монастырь был упразднен. К моменту закрытия к монастырю было приписано всего три человека, так как из-за местоположения среди глухих лесов и болот обитель была очень бедна.
На месте обители оставался только деревянный храм преподобного Севастиана Пошехонского. В 1884 году сюда пришли пять подвижниц из Софийского Рыбинского монастыря во главе с монахиней Августиной. Созданная ей православная женская община была учреждена указом Синода 13 декабря 1885 года. Старица Августина была насельницей Софийского Рыбинского монастыря, также как и монахиня Сергия (Середина), устроившая в 1875 году Леушинскую Иоанно-Предтеченскую общину. Их общий духовник иерей Петр Томаницкий предсказал основание и Леушинской и Севастиановой обителей. Монахиня Августина оставила записки о первых годах возрождения Севастиановой Пустыни, написанные живым и искренним слогом, на основании которых вышло издание Леушинского подворья в Петербурге «Севастианов женский монастырь Пошехонского уезда Ярославской области», Пошехонье, 1905 год.
Официальное открытие Севастианова Сохотского Спасо-Преображенского женского монастыря совершил архиепископ Ярославский и Ростовский Ионафан 10 декабря 1889 года. Монастырь стал расширяться. В 1885 году на средства ярославского потомственного почетного гражданина Михаила Литова, восточнее храма в честь преподобного Севастиана Сохотского, была поставлена вторая деревянная церковь во имя Преображения Господня. В 1887-1888 годах им же был частично перестроен старый храм. В 1894 году на пожертвования М.Е. Комарова возведен двухэтажный полукаменный трапезный корпус. В его нижнем этаже находилась обширная трапезная, кухня и кельи трапезниц и кухонниц, а вверху располагались кельи настоятельницы и сестер.
В 1898 году Севастиановский храм перенесли в Успенский скит, устроенный монастырем в четырех километрах к северу от основной обители, на высоком берегу реки Сохоть. Эта работа производилась на средства Алферова, впоследствии принявшего монашество. В 1898 году над восточными воротами обители из массивных бревен возвели шатровую звонницу. В том же году на месте старого храма был заложен трехпрестольный пятиглавый кирпичный храм, посвященный коронованию Николая II и царицы Александры Федоровны. Проект храма составил гражданский инженер А. Федосеев. Главный престол в честь Рождества Богоматери и преподобного Севастиана Пошехонского и северный придел во имя святителя Николая Чудотворца и великомученицы Александры были освящены в январе 1906 года, южный придел Рождества Иоанна Предтечи – в июне.
Оба храма стояли по одной оси с восточными воротами, трапезная с игуменскими покоями – напротив с запада каменной церкви. Квадратная в плане территория комплекса была обнесена деревянной оградой с тремя воротами на восточной, южной и западной сторонах. В монастыре существовал целый ряд деревянных построек: двухэтажный келейный корпус, поставленный в 1886 году на средства М. М. Литова, одноэтажный келейный корпус с мезонином (1890), в которой размещались иконописная и башмачная мастерские, еще один одноэтажный дом для сестер (1887) и небольшой флигель при нем (1896), хлебная и квасная (1886), баня с прачечной и кладовая (оба здания 1886).
Большое число монастырских построек находилось за его стенами. Ближе к южным воротам стояли два дома причта (1886 и 1893) с надворными постройками. Недалеко от восточного входа размещались две гостиницы для богомольцев (1887 и 1890), за первой из них располагалась конюшня. Кроме этих сооружений в подмонастырской слободе числилось более двадцати хозяйственных, жилых и служебных построек (в том числе большой скотный двор, конюшенный двор, сарай для пожарных машин, многочисленные амбары и сараи).
Монастырское кладбище находилось в 200 метрах от ограды обители. Здесь в 1911 году на средства благотворительницы московской купчихи Е.Ф. Чижовой была поставлена деревянная часовня в русском стиле. Проект для нее выполнил А. Федосеев – строитель монастырского собора. Монастырю принадлежала также каменная часовня на главной площади Пошехонья, возведенная в 1891 году в память спасения царской семьи в 1888 году во время крушения поезда и освященная 28 августа 1892 года.
Известно, что святейший патриарх Тихон (Белавин) посетил Севастианову пустынь. Вот цитата из его жизнеописания: «Владыка проследовал далее по трудному пути в Севастианов женский монастырь, отстоящий от города Пошехонья в двадцати пяти верстах. Это была истинная глухомань. До ближайшего села от монастыря было тринадцать верст. Но и там, в глуши, Владыка не остановился. Он отправился в Успенский скит, расположенный в глухом лесу в трех с половиной верстах от обители».
В 1919 году монастырь был закрыт. Храмы были обращены в приход. Сестры, которых было более ста, некоторое время продолжали жить в обители под видом трудовой артели. В 1930 году обитель была окончательно закрыта.
http://sohot.cerkov.ru/