Село Малое Мурашкино расположено в одной из ложбин Приволжской возвышенности, в 80 км к юго-востоку от Нижнего Новгорода. До 1917 года село находилось в Княгининском уезде Нижегородской губернии.
В окрестности села на расстоянии всего 15 километров, родились в начале XVII века патриарх Никон (с. Вельдеманово) и протопоп Аввакум (с. Григорово) — главные действующие лица церковного раскола. Впоследствии этот район также был тесно связан со старообрядчеством.
Деревня Малое Мурашкино до середины XIX века являлась приходом села Большое Мурашкино, так как своего храма не было, об этом говорит Специальная карта Западной части России Фёдора Фёдоровича Шуберта 1826-1840 годов. К середине XIX века в деревне в среде старообрядцев образовалась единоверческая община, которая, судя по карте Нижегородской губернии 1850 года Александра Ивановича Менде, построила себе первый храм.
Ныне существующая деревянная единоверческая Покровская церковь с одним престолом построена в 1874-1876 годах на средства Георгия Бокова и других благотворителей. Освящена 8 сентября 1876 года. В 1903 году церковь кроме алтаря была перестроена.
Четверик под двускатной кровлей, обшитый тёсом, завершён декоративным пятиглавием. С востока к основному объёму примыкает трёхстенный алтарь. Храм имеет небольшую трапезную и шатровую колокольню.
В ХХ веке церковь не закрывалась. Единоверческая община в Малом Мурашкино — единственная в России, не прекращавшая своего существования в годы советской власти.