История Крупицкого монастыря для нас утрачена. Известно только, что он находился в полуверсте от нынешнего монастыря, на запад, в месте низменном и тесном, окруженном лесами и болотами. В северо-восточном углу скитка и ныне указывают курган, на котором в древнее время явился чудотворный образ свт. Николая. в память сего явления основался, по преданию, монастырь, названный Николаевским. На этом же месте во время нападения татарского укрывшимся от неприятеля и томимым от голода подана была небесная пища, - падали с облаков крупы, от чего монастырь назван Крупицким. Это чудесное событие записано было рукою св. Димитрия на напрестольном Евангелии; а в 1767г. архимандрит обители Варсонофий между просим доносил архипастырю, что чудесные крупы, на память о великом чуде, хранимы были в серебряном ковчежце даже до времени гетмана Мазепы. Игумен доносил: «словесно из престарелых нашего монастыря монахи и мирские старики сказывают, что оный монастырь Крупицким называется потому, что во время разорения Батыева монахи многолюдство мирского народа укрывались от нападения в монастыре, кой ныне именуется ветхим, и гладом истаевали; в тогдашнее де время столь множество круп с неба спало, что все могли в гладе себя довольствовать и те крупи содержании были в серебряном ковчежце даже до времени гетмана Мазепы. Как по измене г.Батурин разорен, то монастырь в разорении ж был и кем те крупы взяты, неизвестно».
Время основания Крупицкого монастыря с точностью определить невозможно, так как нет для сего никаких данных. Но более чем вероятно, что монастырь основан был еще до татарщины. В половине XVIв. Крупицкий монастырь был возобновляем уже «по давнем сего места запустения», как замечал свт.Димитрий. канцлер Оссолинский в своей бумаге 1636г., утверждая за монастырем село Обмачев, прямо называет этот монастырь древним и говорит: «все сие издревле принадлежит Свято-Николаевскому монастырю».
В начале ХХ века в Крупицком монастыре было: 1. Соборный храм свт.Николая освящен в 1680г., быв построен усердием генерального судьи Иоанна Домонтовича. Храм этот сооружен в древнем византийском вкусе, крестообразно, о пяти главах; освящен в 1681г. августа 6 дня преосвященным митрополитом сербским Варлаамом Почекою при игумене Феодосии Гугуревиче. В нем находятся три престола: во имя святителя Николая – посредине; на правой стороне – во имя Благовещения Пресвятой Богородицы; на левой – во имя св.апостола Иоанна Богослова. Длина храма от горнего места до западных дверей 17 сажень, ширина 13, высота до креста 21 сажень. Иконостас о пяти ярусах, весь резной и позолочен. В нижнем ярусе пять местных образов в серебропозлащенных ризах, пред которыми воздеты серебряные лампады, а посреди храма большое медное посеребренное паникадило. Стрех сторон храма, западной, южной и северной, устроены обширные хоры, которые простираются и в боковые алтари. Свод церкви поддерживают два больших столба, окруженные иконостасами с образами, из которых некоторые украшены серебряными ризами, а другие таковыми же венцами. Под всею церковью устроены пространные погреба, где стоят гробы строителя церкви игумена Исаакия. Кровля на этой церкви до 1807г. была деревянная. Но в течении трех лет (1808, 1813 и 1820гг.) ревностным старанием игумена Гервасия вся церковь покрыта железом и кровля выкрашена зеленою краскою. В то же время внутри церкви поновлены иконостас и горнее место, а стены расписаны. В 1846г. во время грозы последовал громовой удар в среднюю главу церкви. Все дерево, бывшее под железом на кровле, сгорело; но в куполах и во всех арках не оказалось повреждения, хотя молния проникла внутрь церкви и оставила разрушительные следы свои на некоторых металлических вещах. Монастырь долго не имел средств к исправлению оказавшихся в церкви повреждений. В течении трех лет старанием игумена Вениамина, при содействии усердных жертвователей и при пособии со стороны правительства вся церковь вновь покрыта железом и кровля окрашена.
2. До 1803г. в Батуринском монастыре теплая церковь была деревянная ветхая, а в 1803г. выстроена каменная теплая церковь, которая была освящена в 1804г. При этой церкви первоначально находилась общая монастырская трапеза, от чего помещение внутри церкви было довольно тесное. Позже трапеза для монашествующих была устроена в другом месте. Стена, отделявшая церковь от трапезы, разобрана, и церковь сделалась гораздо обширнее, благолепнее и светлее. Эта перестройка произведена в 1858г. игуменом Августином. Стены внутри церкви расписаны еще в 1811г. при игумене Гервасие. Иконостас в один ярус, покрыт краскою и по местам позолочен. При входе в церковь, с правой и левой сторон, устроены две кладовые для хранения ризницы.
3. Деревянная на каменном фундаменте о трех куполах небольшая церковь во имя святителя и чудотворца Николая на месте древнего Крупицкого монастыря. Построение сего храма относят к 1746-1749гг. в 1800г. графиня Апраксина, как по уважению к свт.Димитрию, так для поминовению супруга своего, графа Николая Феодоровича, погребенного в скиту, доставила игумену Феодосию средства исправить и возобновить храм свт.Николая: под стены храма был положен каменный фундамент, пол устроен кирпичный, сделаны новые окна и прочее. Внутренность храма – без всяких украшений, даже иконостас – без позолоты, но это еще больше дает цены храму древней простоты. На западной стороне небольшие хоры с ходом снаружи храма; на них уединялся св.Димитрий для молитвы.
4. До 1825г. в Крупицком монастыре была деревянная колокольня, дубовая. В 1823г. игуменом Гервасием заложена была каменная и окончена спустя 2 года. Колокольня по недостатку средств выстроена была в два яруса, некрасиво и не прочно. Нижний ярус построен был из кирпича очень старого, оставшегося от зданий, разрушенных в шведскую войну. Игумен Августин решился было довести высоту колокольни до надлежащего размера: но оказалось, что большая часть ее построена без извести, вместо которой употребляли глину; потому принужден был разобрать ее до основания и по новому плану выстроена колокольня прочная и красивая. На ней было 7 колоколов, больший - в 100 пудов.
5. Хлебня и пекарня, построенные в 1819г., трапеза с двумя келиями – 1834г.
6. Настоятельский каменный корпус, выстроенный в 1834г. довольно поместителен. Внутренность его не пышная по убранству, украшается портретами архипастырей и ктитора обители. Процветание Крупицкого монастыря закончилось в 1922г., когда обитель по распоряжению безбожной советской власти была закрыта, а братия разогнана. Храмы, братские корпуса, библиотеку, богатое обширное хозяйство разграбили и разорили. Величественный Никольский собор, некоторые постройки и даже кирпичную стену, опоясывавшую территорию монастыря разобрали по кирпичику до фундаментов. Существовавший с древних времен на скитке колодец был засыпан всяким хламом и мусором.
В 1920-х гг. в теплой монастырской церкви в честь Преображения Господня открыли клуб, но после совершения в нем убийства девочки, его закрыли, а оскверненный храм стали использовать как зернохранилище. Спустя несколько лет с церкви был снят купол. Здание не ремонтировалось. Начала протекать крыша. Деревянные и железные конструкции прогнили, проржавели и, в конце концов, кровля разрушилась и провалилась внутрь. Восстанавливать ее не стали. Храм же был заброшен и под действием дождей, ветра, жары и холода стал разрушаться. В 30-е годы «дошла очередь» и до деревянной церкви во имя свт. Николая Чудотворца на скитке – она была разобрана.
Во время Великой Отечественной войны колокольню монастыря дважды пытались взорвать, так как она являлась удобным наблюдательным пунктом и могла быть использована для управления артиллерией. Но ни немцам, ни своим этого не удалось, и разрушить ее не смогли. Колокольня выдержала взрывы, устояла и осталась невредимой. После войны на территории монастыря разместился колхоз. В уцелевшем братском корпусе стала работать школа. Позднее колхоз, которому никакими усилиями не удалось сделать хозяйство работоспособным и эффективным, закрыли. В мае 1999г. из здания братского корпуса была выведена школа по причине аварийного состоянии стен здания. Больше никакой пользы для колхоза и власти остатки монастыря не представляли. И то, что от него осталось, вернули Украинской Православной Церкви Московского Патриархата Черниговской епархии.
30 мая 2000г. восстанавливаемой обители был возвращен статус монастыря и отныне она стала называться Батуринский Крупицкий Свято-Николаевский женский монастырь. В монастыре в настоящее время есть домовая церковь. К весне 2003г. из трех храмов, бывших в обители до разорения, частично восстановлен один – храм Преображения Господня (каменный Никольский собор и деревянная церковь во имя свт. Николая Чудотворца на скитке разрушены). Кроме того, в монастыре одиноко, но величественно возвышается хорошо сохранившаяся колокольня (колокола не сохранились).
