Первое известное мне упоминание селения Малой Якшени есть в сборнике документов «Арзамасские поместные акты» (АПА) Веселовского О.Б. В акте №262 от 1610 года речь идет о том, что деревня Меньшой Екшень, поместье Любятинских пожаловано Стрыжевскому Миколаю. Написано «…да Федоровым да Ивановым помесьем Любятинских да сына ево (Игнат)ковым, деревня Меньшой Екшень…»
Правда, в АПА есть сведения от 1592 года, что крестьяне Федора Любятинского принимали участие в межеваниях в окрестностях нынешней Малой Якшени, но без упоминания названия селения. Возможно, что основание деревни относится к 1592 году. Поскольку записано, что это была деревня, значит церкви в ней не было.
В Центральном архиве Нижегородской области хранится «Выпись с Арзамасских книг письма и меры Тимофея Измайлова с товарищи 129 и 130 годов [1621 и 1622 гг.]». В ней есть запись о том, что «в Залесном стане за Собакинскими воротами в поместье написано за Микифоркой да за Гаврилкой Меньшова детьми Любятинского в поместье в селе Малой Якшени…»
В «Арзамасской десятины жилые данные церкви и пустовые церковные земли» под 7136 (1628) годом записано: «Церковь Нерукотворного образа Иисуса Христа на малой Якшени дани тридцать алтын четыре деньги заезда два алтына».
Основываясь на этих сведениях, можно считать, что первая церковь в Малой Якшени была построена между 1610 и 1621 годами.