Самое раннее поселение при впадении реки Ухтомы в Белое озеро, известно ещё с XI века. В X-XIV веках через Ухтому пролегал один из путей из Новгородских земель к Белому морю. Подробное описание Ухтомского волока содержится в «Писцовой книге езовых дворцовых волостей и государевых оброчных угодий Белозерского уезда» 1585 года. В XV веке село Ухтома упоминается как «купля» князя Верейского и Белозерского Михаила Андреевича.
В середине XVI века, во времена правления Ивана IV Васильевича, Ухтома передаётся во владение Суздальскому Покровскому женскому монастырю, о чём сообщается в послушной грамоте 1550 года крестьянам деревни и сельца Ухтомы, которые были переданы монастырю: «Крестьяне должны игуменью Василису с сестрами и их приказчиков слушать, пашню их пахать и оброк платить...»
В жалованной грамоте царя Василия IV Шуйского 1606 года, называются деревни «которые тянули к селу Ухтоме: деревня Переезд, пустошь Дурасово, пустошь Лязгина». Монастырской вотчиной Ухтома оставалась, вероятнее всего, до Екатерининской реформы о секуляризации монастырских владений в 1764 году. Когда в селе появилась первая церковь, точно неизвестно. Вплоть до начала XVIII века в писцовых и переписных книгах Белозерского уезда описания храмов в Ухтоме не встречаются.
Первая каменная церковь в селе Ухтома бала построена в 1780 году. Главный престол в холодном храме был освящён в честь Успения Богородицы. Ещё два придела: во имя святителя Николая и великомученика Георгия располагались в трапезной, которая соединяла основной объём храма с высокой четырёхъярусной колокольней. В 1797 в Ухтоме была построена ещё одна церковь, деревянная, в честь Воздвижения Креста Господня, с приделом Иоанна Предтечи, находившегося в трапезной. Церкви окружала каменная ограда с башенками и вратами. В 1885 году, на кладбище, находящемся южнее села появилась третья церковь, во имя благоверного князя Александра Невского. Существует вероятность, что этот храм был построен из сруба самой первой Ухтомской церкви, возведённой предположительно в первой половине XVIII века.
Согласно Списку населённых мест Новгородской губернии за 1912 год, в Ухтоме проживало 377 мужчин и 385 женщин. В селе располагалось три церкви, одна часовня, школа, земская конная станция, хлебно-запасный магазин, три мелочных и одна казённая винная лавка.
После закрытия в 1930-х годах Успенская церковь использовалась как склад. Затем довольно продолжительное время в здании храма размещался зерновой пункт, куда свозили зерно со всего района, для последующей отправки на пристань "Чайка". В Крестовоздвиженской церкви ещё в 1950-х годах находилась колхозная конюшня. Дольше всего Богослужения совершались в церкви Александра Невского. После закрытия в 1948 году она использовалась как зернохранилище.
В настоящее время брошены и постепенно разрушаются.
Источник: Н. Макаров. Ухтомский волок. Памятники Отечества: иллюстрированный альманах Всероссийского общества охраны памятников истории и искусства