Обычно название храма связывают с географическим термином дерба, дербина - "залежь; заросшая пашня, с которой срезается (сдирается) верхний слой" (в письменных источниках XVII в.); пашня; заросшая лесом или кустарником; понижение, занятое луговой растительностью, кочкарником". Предполагают также, что название может быть образовано от антропонима.
Построен в 1711-15 гг. (главный престол — святителя Николая Чудотворца) в Новой стрелецкой слободе, «что на Ольховке» (у ручья, заросшего ольхой) «в Дербеневском» (от «дебри» — непроходимый лес), «в Петрове приказе (полу) Красного» на месте деревянного (первое письменное упоминание — 1615 г.). Первоначально храм состоял из двухсветного четверика храма с трёхчастной апсидой и небольшой трапезной.
16 мая 1715 года храм освятил преосвященный Иоанникий Ставропольский. Новый храм был построен на пожертвования московских купцов М.Я. Заботина, И.Я. Львова и многих других. На средства жертвователей в церкви установили прекрасный иконостас, иконы которого украшали богатые ризы. При храме были устроены бесплатная столовая для бедных, богадельня, мастерские.
Первоначально приход этой церкви составляли только стрельцы. В 70-80-х гг. XVII в. ими командовал полковник Семен Грибоедов, сын того Грибоедова, которые подписал "Уложение" царя Алексея Михайловича. Стрельцы полка Грибоедова возмутились из-за того, что он "...будучи де у того приказу, им стрельцам налоги и обиды и всякие тесноты чинил и, приметываясь к ним для взяток своих и для работы, бил их жестоким боем".
В 1722 г. с северной стороны трапезной пристроен низкий придел преп. Сергия Радонежского (по другим источникам, построен одновременно с храмом).
В 1790-91 гг. отделан заново (иконостас, лепнина), построена двухъярусная колокольня (второй ярус в виде ротонды) со сферическим куполом и каменная ограда.
В 1878 г. и 1894 г. по проекту К.М. Быковского был сооружен южный придел во имя иконы Богоматери Всех Скорбящих Радости и перестроен северный придел. Быковский усилил градостроительное значение церкви, стоявшей на изгибе переулка и служившей ориентиром для обоих его частей. Для этого была создана необычная композиция: высокая главка поставлена не над объемом придела, а над декоративной аркой его фасада, то есть приближена к линии переулка. Стройный восьмерик, венчающий основной объем, характерен для первой трети XVIII в.
Церковь была закрыта в 1927 г. Здание передали организации, были разобраны колокольня (до первого яруса), завершение храма и ограда.В 1929 г. хозяева разобрали завершение и сломали колокольню. В 1951 г. над четвериком соорудили чердак, внутри сделали антресоли, пробили стены апсиды, сбили декор, оштукатурили фасады. Внутри храма в разные годы располагались различные учреждения, даже гараж воинской части. В 1960-х гг. застроен церковный погост. Сохранившиеся элементы первоначального декора дают возможность предположить, что бывший храм - интереснейший памятник петровских времен.
Богослужения возобновлены в 1994 г.
В Третьяковской галерее есть картина с изображением храма – это картина Маковского В.Е. «На бульваре», написанная в 1886–1887 гг. Место действия картины – Сретенский бульвар. За молодой парой – церковь Николая в Дербеневе (еще до перестройки 1895 года).
Сайт храма: http://www.derbenevo.orthodoxy.ru/