Никольский храм стоит на острове Липно в северной части дельты реки Мсты, в 9 км к юго-востоку от Великого Новгорода. С востока остров обмывается рекой Плотница, являющаяся одним из многочисленных рукавов Мсты. На правом берегу реки расположен причал, куда могут подходить лодки с экскурсантами, направляющимися для осмотра храма. С юга и запада остров Липно обмывается протокой Большая Гнилка, а на севере - заболоченная низина (ранее это было оз. Игуменское). Вся эта местность с севера отрезана от материковой части Сиверсовым каналом, построенным в 1798-1803 годах и являющийся составной частью Вышневолоцкой водной системы. В весеннее половодье, когда Мста разливается на десяток километров, небольшой участок суши, на котором стоит храм, превращается в крохотный островок посреди обширного Ильмень-озера. Тогда создаётся впечатление, что и сам храм плывёт по волнам "Словенского моря", как в старые времена часто называли оз. Ильмень.
По преданию, на месте храма в 1113 году была обретена икона Николая Чудотворца, писаная на круглой доске, от которой исцелился новгородский князь Мстислав Владимирович. В ознаменование этого события вскоре после 1113 года на этом месте был основан Николаевский Липенский мужской монастырь и выстроена первая деревянная церковь.
Строительство каменного храма началось в 1292 году по благословению новгородского архиепископа Климента. Предполагают, что окончание строительства и его освящение состоялось спустя четыре года - в 1296 году. Храм считается первым каменным храмом, построенным на Новгородской земле после ордынского нашествия на Русь. Церковь построили по образцу домонгольского храма Рождества Богородицы (1226 г.) в Перынском скиту. Это квадратный в плане четырехстолпный одноглавый храм с одной апсидой. Фасады имеют трехлопастное завершение, украшение стен простой аркатурой, повторяющей форму трехлопастной арки и такого же аркатурного пояса в верхней части светового барабана. Центральную ось на фасадах церкви подчеркивается узкими окнами в закомарах и парными окнами на уровне хор. По бокам от парных окон сделаны ниши (видимо, киоты) таких же размеров. Центральную ось на восточном фасаде поддерживает одна небольшая полукруглая апсида в половину высоты четверика. Световой барабан декорирован "бровками" над окнами. Этот тип храма получил дальнейшее развитие в новгородском зодчестве XIV века. Церковь была расписана фресками в 1293-1294 году.
Интерьер церкви имеет ряд особенностей. Нижняя часть западной пары столбов, поддерживающих подпружные арки, сделана шестигранной, а верхняя крестчатой. Восточные столбы также имеют крестчатое сечение вверху и прямоугольное внизу, удобное для установки иконостаса. На хоры из юго-западного угла вела открытая лестница (ранее их делали внутристенными). На хорах в угловой северной каморе до XVI века помещался придел сщмч. Климента, папы Римского. В XVI веке в церкви было устроено подцерковье.
Монастырь был упразднён в 1764 году, Никольский храм становится приходским, стоящий на погосте Липно. Но из-за малочисленности прихожан погост Липно в 1798 году, как административную единицу, упраздняют, он исчезает с географических карт, а Никольский храм приписывают к Сковородскому Михайловскому мужскому монастырю, в составе которого он находился до 1917 года. Храмовая икона свт. Николая Мирликийского была перенесена в соборный храм Архангела Михаила и являлась одной из святынь Сковородского Михайловского монастыря. Тогда Никольский храм был перекрыт четырехскатной кровлей, а в середине XIX века к нему был пристроен притвор с двухъярусной колокольней. К концу XIX века церковь Николы на Липне пришла в запустение, богослужения в ней совершались редко.
После 1917 года храм был совсем закрыт и сильно обветшал. Тогда же была снесена колокольня. Во время Великой Отечественной войны на острове располагался наблюдательный пункт советских войск, подвергавшийся обстрелу немецкими войсками, отстоявшими в 6 км, на западном берегу озера Ильмень. В результате чего храм понёс значительные утраты, сохранились только 65% кладки.
Сразу после войны, в 1945 году реставраторы специальной проектно-реставрационной мастерской под руководством Сергея Давыдова провели большую реставрационную работу над фресками, а в 1954-1956 годах была проведена капитальная реставрация храма, и ему был возвращён первоначальный вид. Последние работы по реставрации храма производились в 2017-2019 годах. В 2021 году на Рождественской службе в храме присутствовал Президент России В.В. Путин, подаривший приходу икону "Господь Вседержитель".