Судьба монастырского архива нам неизвестна - лишь около двух сохранившихся десятков дел XVIII-XX вв. являются жалкими свидетельствами истории этой интереснейшей обители новгородской. По ним трудно проследить даже основные вехи истории Клопского монастыря в XVIII -XIX вв.
До начала XX в. монастырь был мужским и сохранил ведомость о монашествующих за 1798 г. дает сведения о монастырской братии в количестве 13 человек (7 монахов и 6 послушников). Описи церковного и ризничего имущества 1800 г. и 1811 г. содержат подробное описание предметов церковного обихода, главного иконостаса, раки под мощами прп. Михаила Клопского: "Бронзовая хорошей работы, вызолоченная и местами посеребренная. Наверху отлитый образ прп. Михаила и на нем подпись (...) Вокруг раки медная решетка. Балдахин столярной и резной работы (...) С западной стороны большой посеребренный подсвечник местами золочен" .
Среди документов середины XIX в. почти детективное дело о рассмотрении жалобы на настоятеля монастыря игумена Дмитрия, который якобы, притеснял" монаха Аркадия за отказ дать показания на виновника, якобы желавшего поджечь монастырь. Из рапорта благочинного архимандрита Мануила митрополиту Новгородскому, С-Петербургскому и Эстляндскому Никанору, следует, что монах Аркадий притеснениям не подвергался, хотя вел себя в монастыре не должным образом: собирал в своей келье по ночам братию, однажды явился в трапезу пьяным и другой раз приехал из города в таком же виде. Благочинный сообщал, что монах Аркадий был переведен в Клопский монастырь из Тихвинского Дымского монастыря за провинность под строгий надзор. Он предполагал Аркадия "определить в черные труды", а в случае дальнейшего ропота - перевести в другой какой-либо монастырь. На этом дело монаха Аркадия прерывается, но следующий рапорт архимандрита Мануила митрополиту Никанору 1852 г. уже показывает далеко не благовидную деятельность игумена Дмитрия, особенно по части хозяйственной деятельности и отношений с братией. К сожалению, не сохранилось заключительных документов о решении судьбы игумена Дмитрия. Столь же обрывочны, но все таки очень любопытны данные приходно-расходной книги монастыря за 1862 г. Очевидно, что в монастыре регулярно проводились мелкие ремонтные работы, закупались строительные материалы и ряд продуктов.
На основании послужных списков монашествующих за 1916 г. можно свидетельствовать, что с 1913 г. монастырь стал женским. Вероятно, это обусловливалось более значительными возможностями ведения хозяйства и поддержания порядка. В списке указаны сведения о трех монахинях, четырех послушницах и 28 проживающих по паспортам. Во главе монастыря была поставлена игуменья Маргарита - дочь новгородского мещанина. Она прошла монашеский постриг в Десятинном монастыре. Основной возраст монашествующих и послушниц - 50 лет.
Сведения о постройках монастыря и его угодьях содержатся в ведомости 1919 г. В нем указаны следующие монастырские строения:
1) Соборная каменная церковь во имя св. Троицы с приделом в дьяконнике во имя прп. Михаила Клопского, "где и святые мощи его почивают" с притвором и папертью каменной. С южной стороны - церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы каменная, с северной - соборная ризница каменная.
2) К востоку от собора под входными воротами - колокольня каменная 3-х ярусная.
3) К югу от собора церковь каменная, двухэтажная, в одной связи с двухэтажными корпусами настоятельских келий. Церковь во имя св. Николая с приделами во имя Тихвинской Божией Матери и вмч. Иоанна Воина. В нижнем этаже корпуса - трапезная, кухня, 7 келий.
4) Часовен при монастыре 2: одна из них на станции Шилка новгородской железной дороги, деревянная, другая - при монастыре, каменная, на берегу р.Веряжи.
5) К югу от колокольни - сестринский корпус каменный, одноэтажный.
6) В юго-восточном углу ограды - квасоварня, баня, ледник, кладовая, в юго-западном углу - кельи, каменные, одноэтажные. Такие же кельи в северо-восточном углу.
7) Ограда вокруг монастыря каменная, с 6 небольшими башенками на углах.
8) С северной стороны к монастырю примыкает скотный двор, обнесенный каменной оградой.
Последняя постройка, появившаяся в 1914 г., при игуменье Маргарите, - деревянный двухэтажный дом на каменном фундаменте, к которому пристроены хозяйственные постройки (Прим. - "Коммунистами по распоряжению властей разобран до основания причтовый дом и перенесен в деревню").
Ведомость завершается следующими словами: "Особенно торжественно отмечается богослужение в дни памяти прп. Михаила 11 января и 23 июня, 6-го декабря, 1-го октября и в первое воскресенье Великого поста, когда церковь бывает переполнена молящимися. Несмотря на особенно тяжелое время сестры в числе 40 человек с особой самоотверженностью переживают ниспосылаемые им скорби и лишь твердо надеясь на помощь прп. Михаила. Земли у нас нет, значит нет и насущного хлеба, а потому сестрам приходится заниматься домашним рукоделием, чтобы сыскать себе пропитание. Были у нас особенно тяжелые дни, когда приходила Советская власть и осматривая помещение, находила его удобным для своих целей и решила устроить здесь богодельню, приют и ферму. Слыша такие речи, сестры пришли в полное уныние, но милосердием Божиим и за молитвы прп. Михаила до сих пор ничего подобного не исполнилось и жизнь у нас потекла по прежнему тихому руслу".
Сохранилась среди архивных материалов и очень подробная опись церковного имущества, находящегося в двух церквях, колокольне и двух часовнях. По всей вероятности, она составлена уже после революционных событий, незадолго до закрытия монастыря. В описи упоминаются все иконостасы и иконы в них, в т.ч.: в главном иконостасе Троицкого собора - "храмовый образ Святой Живоначальной Троицы древнего писания в бронзовой ризе чеканной работы" и "образ прп. Михаила Клопского в молении пред св. Троицей с планом монастыря, вокруг его чудеса прп., риза же медная, позлащенная. Тако святых мощей прп. Михаила бронзовая, с вызолоченными 8-ми клеймами, с сиянием "Всевидящее око", кругом ее внизу и вверху карнизы с пилястрами, а по верхнему борту 8 литых херувимов, по верху раки чеканной работы вызолоченный образ прп. Михаила. Кругом раки медная решетка с шариками. Над ракою на 4-х колонках установлен балдахин (...)". В описи упоминаются 9 колоколов, находившихся на колокольне, разного веса, из которых самый большой - 102 пуда.
Книги монастырские хранились в ризничной палатке. Библиотека насчитывала около 100 названий. Также в ведомости указаны копии с жалованных грамот и планов на землю и сенокосы, рыбные ловли.
В 1919 г. был подписан договор жителей деревни Завал, Хотята, Любоежа, Донцы, с.Васильевского с Новгородским советом рабочих и крестьянских депутатов о передаче в "бессрочное бесплатное пользование находящиеся в Клопском монастыре храмы, здания и богослужебные предметы. Документ скреплен 110 подписями и сопровождается актом о принятии имущества.
В 1923 г. монастырь был передан в ведение Новгородского музея, у которого не было возможности обеспечить его сохранность и реставрацию. Постепенно постройки начали разбирать на кирпич. В 1934 г. монастырь был закрыт. Монастырский комплекс пострадал в годы Великой Отечественной войны. Разрушение построек продолжалось и после войны.
Неоднократно велось противоаварийное укрепление настенной живописи собора. В 1964 г. обрушились остатки сводов в трапезной палате, у колокольни разрушен третий ярус, отсутствует кровельное покрытие первого яруса. Из-за удаленности и труднодоступности памятника реставрационные работы сводились к периодической вычинке временной кровли Троицкого собора - главного сооружения Клопского монастыря. В 1985-1992 г.г. генеральная дирекция «Новгородрекоенструкция» выступила заказчиком на проведение комплексных научных исследований, архитектурно-археологических обмеров. Работы велись коллективом архитекторов новгородского филиала института «Спецпроектреставрация» под руководством Л.Е. Красноречьева. Были разобраны ложные барабаны XIX в., изуродовавшие архитектурный облик Троицкого собора, главы покрыты медью, устроены временные кровли, проведены противоаварийные работы на живописи XV-XIX вв.
В 2004 г. в целях подготовки памятника к реставрации отремонтированы леса, установленные вокруг собора в конце 1980 - начале 1990 г.г.в, внутри собора устроены тепляки, установлены обогревательные приборы. Проведены следующие реставрационные работы: внутри восстановлен верхний ярус связевой системы, отреставрированы своды внутри собора, снаружи отреставрированы главы, оштукатурены 3 барабана, восстановлен декор юго-восточного барабана. В 2003-2004 г.г. выделено и освоено 800 тыс. руб. средств федерального бюджета на противоаварийные работы, на разработку нучно-проектной документацииЛишен кровли братский корпус и кладка стен его находится в аварийном состоянии. Почти полностью утрачена каменная ограда. Единственная постройка, в которой процесс разрушения был приостановлен, это Троицкий собор. Согласно постановлению Совета Министров РСФСР от 30 августа 1960 г. № 1327 «О дальнейшем улучшении памятников культуры в РСФСР» Троицкий Михаило-Клопский монастырь является объектом культурного наследия федерального значения.
В соответствии с распоряжением территориального управления Росимущества по Новгородской области от 30.05.2005 № 122-р, Троицкий Михаило-Клопский монастырь передан в безвозмездное пользование Новгородской Епархии Русской Православной Церкви для восстановления и использования по первоначальному назначению - в качестве православного действующего монастыря. Восстановление обители ведётся под руководством наместника игумена Иакова (Ефимова).
По материалам: http://www.klopsky.ru/monastery-history/; http://palomniki.su/countries/ru/g03/nocity/16542.htm