Возникновение второго каменного храма в Выксе (после усадебной церкви в честь Рождества Христова) связано с существованием кладбища, располагавшимся с конца XVIII века между жилыми слободами Среднего и Верхнего Выксунских заводов. (Ранее, по сведениям краеведа В.П. Порхачева, кладбище находилось в районе современной улицы Ризадеевской). В клировых ведомостях указывается, что кладбищенская церковь во имя Рождества Богородицы построена в 1797 году "тщанием помещика господина Ивана Родионовича Баташева" (владельца выксунских горнометаллургических заводов). Ведомость страховой оценки церковных построек Выксы, составленная в 1910 году, называет другую дату - 1799 год. Видимо, это незначительное расхождение вызвано тем, что в первом случае названа дата начала строительства (проектирования), а во втором - ее окончания и/или освящения престола. К сожалению, каких-либо дел, непосредственно связанных с данным событием, в архивах обнаружить не удалось. Своего прихода церковь Рождества Богородицы в XIX - начале XX века не имела. Она была приписана к упомянутому выше главному выксунскому храму в честь Рождества Христова, построенному еще в 1773 году. Как говорится в клировых ведомостях, "причта к оной церкви не определено, а исправляют священнослужение, когда потребно, от приходской Христо-Рождественской церкви священноцерковнослужители".
Первоначальный облик храма устанавливается по архивным фиксационным чертежам, хранящимся в РГИА и ЦАНО. Они показывают, что на момент постройки, церковь не имела трапезной: объем одноярусной колокольни над западным входом примыкал непосредственно к основному объему храма типа ротонды с полусферическим куполом и крестообразно расположенными выступами. По своей архитектуре и объемно-планировочной структуре выксунская церковь Рождества Богородицы может быть отнесена к «баташевскому стилю», характерному для культовых и ряда гражданских построек Выксы и окрестностей. Наибольшее сходство она имела с Никольской церковью Верхне-Железницкого завода (ныне – рабочий поселок Виля), построенной в 1811 году. (Несколько перестроена в 1901-1902 годах). Как видно из альбома чертежей 1820-х годов, зафиксировавшего планировку Выксы и ее постройки на то время, когда они принадлежали Шепелевым, церковь Рождества Богородицы была обнесена оградой. К западу от нее, но уже вне ограды, располагалось деревянное здание богадельни. Судьба последней не известна. Клировые ведомости главной выксунской церкви за 1856 год сообщают, что "зданий, как-то домов, лавок, часовен, больниц и богаделен, принадлежащих к сей церкви, не имеется".
Свой первоначальный вид кладбищенская церковь в Выксе сохраняла до середины XIX века, когда произошла ее перестройка. Вызвана она была, вероятно, желанием сделать храм более вместительным. Общее же состояние церкви было хорошим, что отмечено и в клировых ведомостях за 1856 год, и в объездном журнале местного благочинного за то же время.
19 марта 1857 года Нижегородская губернская дорожная и строительная комиссия в "общем присутствии" (т.е. на общем заседании) рассмотрела проект пристройки к храму трапезной, переданный на рассмотрение Нижегородской духовной консисторией. Было принято решение "чертеж на перестройку Богородице-Рождественской церкви в селе Выксунском Заводе Ардатовского уезда, рассмотренный в Искусственном столе и оказавшийся составленным согласно правилам архитектуры, утвердить по установленной форме". Снятая тогда с утвержденных чертежей копия сохранилась. В советское время она оказалась в рукописном отделе областной библиотеки, а сейчас находится в ЦАНО. К сожалению, автор проекта перестройки на чертежах не указан.
В результате реализации проекта церковь удлинилась в западном направлении за счет появившейся трапезной. В связи с этим “переместилась” и колокольня. Причем она была восстановлена над новым западным входом в несколько измененном по сравнению с первоначальным виде (шарообразная главка заменена на луковичную, на фасадах, ниже яруса звона, появились "кокошники" в соответствии с господствовавшими тогда в архитектуре вкусами и т.п.). Печи, располагавшиеся при входе в молитвенный зал с запада, были перенесены в трапезную.
В целом же, после перестройки, церковь Рождества Богородицы приобрела планировочную схему "корабль": по одной продольной оси располагались колокольня, трапезная, основной объем храма, алтарная апсида. Вместе с тем, она сохранила тогда своеобразие выксунской храмовой архитектуры, соединявшей в себе барочные композиционные приемы и формы с классицистическими деталями фасадов, ложноготическими оконными и дверными проемами и т.п. Наиболее выразительна в этом отношении купольная с переломом крыша над ротондой основного объема. В более позднее время у южного входа в церковь появился каменный пристрой с двускатной крышей, видимый на фотооткрытке рубежа XIX-XX веков. Его облик диссонировал с архитектурой храма. Что касается внутреннего убранства церкви, то на данный момент мы не располагаем какими-либо сведениями о нем, кроме кратких упоминаний об иконостасе в ведомости страховой оценки 1910 года: "Иконостас длиною 2 саж. 2 арш., (5,68 м), высотою 5 саж. (10,65 м). Оценен в 3 000 руб.". В начале XX века церковь Рождества Богородицы оставалась кладбищенской. Судя по схематическому плану Выксы 1900 года, хранящемуся в Нижегородском государственном историко-архитектурном музее-заповеднике (НГИАМЗ), кладбище располагалось к северу от церкви.
От советского времени в ЦАНО сохранилось дело о закрытии кладбищенской церкви в Выксе, именуемой в народе "малой" (в отличие от "большой" церкви Рождества Христова). Решение о прекращении богослужения в ней было принято Президиумом Горьковского крайисполкома 15 октября 1936 года и утверждено на заседании Президиума Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета Советов 30 декабря того же года. Здание предполагалось использовать под пионерский клуб. Жалоба и прошение прихожан церкви (приход, видимо, был образован уже в советское время) на действия властей в адрес И.В. Сталина успеха не имели, несмотря на то, что ходатайствовала почти тысяча человек. Секретарь облисполкома тов. Марычев сообщал 9 мая 1937 года в Комиссию по вопросам культа при Президиуме ЦИК СССР: "Церковь Рождества в г. Выксе фактически уже ликвидирована - церковное имущество, необходимое для отправления религиозных обрядов, передано по акту верующим и перенесено в функционирующую большую церковь того же религиозного направления; купола (т.е. главы с крестами) со здания сняты, и приступлено уже к переоборудованию его под детское дошкольное учреждение. Первоначальное предположение об использовании здания под пионерский клуб оказалось неосуществимым из-за отсутствия для этого достаточных средств (105 тыс. руб.); поэтому решением Выксунского горсовета от 4/V-37 г. здание быв. церкви передано под детский сад, отпущены 16,5 тыс. руб. и дан месячный срок для окончательного переоборудования здания". Это официальная версия событий. Как на самом деле происходило закрытие церкви видно из вышеупомянутого прошения прихожан (стиль сохранен): "1937 года 13 января два представителя (местных властей) отобрали ключи от председателя церковного совета данной церкви, а 15 января с/года содрали кумпол и кресты и бросили к кладбищенской ограде, и ушли, а церковь оставили, не заперли, куда и входили хулиганы и творили, что хотели без стеснения, и надругались над святыней к великому прискорбию трудящихся. Иконы, царские двери, книги священного писания, лампадочки, шкафы, ящики - все разбили и перебросали броском, и вдобавок сделали точно как в уборной полагается (...)".
Формальным поводом к ликвидации церкви послужило то, что по проекту генерального плана города Выксы территория закрытого за пять лет до описанных событий кладбища прорезалась транспортной магистралью, соединяющей улицу Красных Зорь с улицей Ленина. Тем самым уничтожалось и само кладбище. В результате приспособления здания церкви под детский сад ярус звона колокольни был снесен, проемы утратили свои “готические” очертания и превратились в прямоугольные, также были пробиты новые окна. Внутри здание было разделено на два этажа, интерьеры - утрачены. Сохранились лишь следы старой росписи внутри купола ротонды и чугунная винтовая лестница. Пристрой у южного входа в церковь был снесен, зато появился другой, из силикатного кирпича, примыкающий к основному объему с севера. Прилегающая территория использовалась под нужды детского сада.
К концу 1980-х годов от старого выксунского кладбища не осталось и следов. Церковь оказалась среди интенсивно развивающейся городской застройки. Вместе с тем, она по-прежнему сохранила значение архитектурного акцента, хорошо просматривающегося с одной из главных транспортных магистралей Выксы - улицы Ленина (бывшей главной дороги, связывавшей заводские поселки). В перестроенном виде церковь была зафиксирована и паспортизирована сотрудниками Научно-исследовательской лаборатории прикладных историко-культурных исследований Горьковского государственного университета. Постановлением Законодательного Собрания Нижегородской области от 21 июня 1994 года № 39 церковь Рождества Богородицы была взята на государственную охрану как памятник архитектуры областного (ныне - регионального) значения.
После возвращения здания церкви Нижегородской епархии, в нем разместилось Выксунское духовное училище. В храме, переосвященном во имя Иоанна Богослова, возобновились богослужения. Для нужд училища вдоль северного фасада церкви устроен еще один, относительно небольшой, силикатный пристрой. В 1997 году главным архитектором Научно-исследовательского предприятия «Этнос» И.С. Агафоновой был разработан проект ворот новой ограды у церкви, а в 2006 году под её руководством архитектором Е.И. Васильевой – проект реставрации храма. К сожалению, в натуре работы были произведены с отступлением от указанных проектов.
А.И. Давыдов. Церковь Рождества Богородицы в городе Выксе Нижегородской области