Первое упоминание о местечке Котово относится к началу 17 века. Тогда оно называлось Курлыково (по другим источникам Курылково или Курилково) и принадлежало думнму дьяку Ивану Васильевичу Щелканову, который продал его в 1617 году князю Юрию Яншеевичу Сулешеву. В то время Котово представляло из себя небольшое поселение: несколько домов у русла Клязьмы. С 1676 году становится имением боярина Ивана Борисовича Репнина, занимавшего в разные годы значительные государственные посты. При нем Курлыково стало сельцом, в котором на 1678 год был построен двор его боярский, двор скотный и двенадцать дворов крестьянских, в коих проживало 42 человека. В 1684 году И.Б. Репнин закончил постройку в своей усадьбе каменного храма. Церковь представляла собой небольшой одноглавый бесстолпный двухабсидный четверик, не скрытый сомкнутым сводом, с северным приделом, связанным с храмом обходной галереей. Над северо-западным углом его поднималась колокольня с островерхим шатром, украшенным двумя рядами слухов. Церковь имела 4-х скатное покрытие и была увенчана луковичной главкой на глухом барабане. Это первая хронологическая отметка, оставленная в исторических документах. Однако, согласно устному преданию, князь строил на месте деревянной церквушки времен царя Ивана Васильевича Грозного.
Интересной особенностью храма было то, что алтарная часть, имеющая во внутреннем пространстве две апсиды,- главного алтаря и северного придела,- снаружи выглядела иначе. Примерно по оси северной стены четверика была выложена "ложная" апсида. Внешне это добавило храму симметрии, но, видимо, цель была иной, потому что внутренняя архитектура весьма ассиметрична: Святые Двери в окружении диаконских кажутся непринужденно развернутыми из-за разной ширины межарочных стен.
После смерти Ивана Борисовича, с 1697 года по 1704 год, селом владел его сын, Аникита Иванович Репнин /1668 – 1726 г.г./ - генерал-фельдмаршал, сподвижник Петра I, участник Азовских походов и подавления стрелецкого бунта. Во время владения селом Спасс-Котово А. И. Репниным в архивных документах на 1704 год значится «церковь Нерукотворенного Спасове каменная, двор вотчинный, двор скотный и 17 дворов крестьянских». Князь Репнин отдал село своему сыну Василию, после смерти которого оно перешло к племяннику, а затем, в 30-е годы XVIII века, было продано князьям Юсуповым, в чьих руках находилось вплоть до 1917 года. С историческими сведениями о жизни царских вельмож Юсуповых можно познакомиться на странице сайта «Князья Юсуповы». Приобретя Спасское имение на реке Клязьме, Борис Григорьевич в 1754 году обратил внимание на построенный при церкви Спаса Нерукотворного Образа «из давних лет» прежними владельцами села придел, который к тому времени не был освящён и использовался для «поклажи церковной утвари и ризницы и в котором как престола, так и жертвенника ... и признаков никаких церковных не имелось».
К весне 1755 года были устроены престол и жертвенник, придел был украшен местными образами и иконостасом. В мае 1755 года служитель дома Б.Г. Юсупова, Василий Щербачёв, обратился в Московскую Духовную Консисторию с просьбой об освящении придела в честь Владимирского образа Богоматери, а 5 июля 1755 г. получил указ об освящении протопопом Большого Успенского Собора с братией. Б.Г. Юсупов умер в 1759 г. и был погребён на Лазаревском кладбище Александро-Невской Лавры в Петербурге.
Владельцами усадьбы в селе Спасском Котове стали его вдова Ирина Михайловна, урожденная Зиновьева (1718-1788) и дети: лейб-гвардии конного полку корнет Николай и княжны Елизавета, Александра, Анна и Авдотья. В экономических примечаниях Московской губернии за 1766-1770 гг. в селе Спасском-Котове Воскресенского уезда значится «церковь каменная Спаса Нерукотворенного Образ, господский дом деревянный, сад с плодовитыми деревьями». В 1760г. по плану генерального межевания земель России было произведено межевание села Спасское-Котово и составлен его земельный план, сохранившийся в фонде Юсуповых, в ЦГАДА. Под церковью и кладбищем было занято девятьсот квадратных сажен земли (приблизительно 40 соток).
Сегодня по бывшему кладбищу села князей Юсуповых, поверх могил, проходит автодорога. От кладбища осталось несколько поднятых из-под земли памятников, которые теперь находятся во дворе храма.
По сведениям клировых ведомостей 1776 года, в селе числилось 33 приходских двора, в которых проживало 149 человек дворовых и крестьян мужского пола и 184 - женского пола. Церковной земли не было выделено, священник Илья Фёдоров и причт содержались на «ругу» (годичное содержание) от владелицы села И.М. Юсуповой и владельца соседнего имения Александра Ильича Касаткина, по всей вероятности, прихожанина церкви.
Со второй половины XVIII века скромная усадебная церковь в селе Спасском-Котове постепенно превращется в родовую усыпальницу князей Юсуповых. В 1772 году в северном, Владимирском, приделе около левого клироса под полом был устроен склеп, где погребена умершая дочь Ирины Михайловны Юсуповой, Анна Борисовна Протасова. В 1788 году рядом с А. Б. Протасовой была погребена скончавшаяся княгиня И. М. Юсупова. Над прахом обеих были положены чугунные доски и поставлена мраморная урна. После ее кончины владельцем села стал князь Николай Борисович Юсупов (1751 – 1831), один из самых известных и богатых вельмож екатерининского века. Князь жил в древних своих палатах в Москве в Харитоньевском переулке и имел роскошное подмосковное имение в с. Архангельском, где он не раз принимал царствующих особ. Он был одним из просвещеннейших людей своего времени, дружил с А. С. Пушкиным. Великий поэт посвятил князю Николаю оду "К вельможе".
При Николае Борисовиче Юсупове на рубеже XVIII – XIX веков усадьба Спасское-Котово переживала небывалый расцвет: была создана регулярная планировка с «прешпектовыми» аллеями, оранжереями, регулярными садами, копаными прудами. В селе был построен кирпичный завод. В отказных книгах за 1790 год записано: «В селе Спасском, Котово тож, церковь каменная Спаса Нерукотворенного Образа с приделом Владимирския Божия Матери, деревянный дом с деревянными службами. Легулярный сад с оранжереями, с плодовитыми деревьями, 4 пруда, кирпичные заводы». В 1820 году в северо-западном углу четверика был устроен склеп для Юсуповой Параскевы Павловны (урожденной Щербатовой), невестки Николая Борисовича. Светская жизнь этого блистательного вельможи, очевидно, мало касалась Котовского имения. Известнее другое подмосковное имение - Архангельское, где и теперь можно увидеть уцелевшую после революции часть собранной им художественной коллекции. Однако свои последние годы Николай Борисович пожелал провести здесь, на берегу Клязьмы.
В 1831 году князь Н.Б. Юсупов скончался и был погребён за алтарём Владимирского придела. Через год над его могилой наследниками была выстроена часовня-усыпальница. Квадратная в плане палатка, с двумя крыльцами у входов, с северной и южной сторон вплотную примыкала к апсиде северного придела. Тогда же, в 1832 году, был произведен ремонт церкви: растесаны оконные проёмы, по-видимому, изменилась и их форма. Облик храма был изменен во вкусе нового времени: стены были подняты на высоту усыпальницы, был срублен первоначальный карниз и по верху стен уложен новый - белокаменный - по периметру храма (при современной реставрации сохранились оба карниза). Такой же карниз был устроен и по верху четверика колокольни. Дверные проемы тоже были весьма расширены. Однако увидеть старинные размеры можно и теперь: вход и окна келии под ярусом звона колокольни не изменились. А также в ходе реставрационных работ было решено оставить более древний размер прохода из храма в придел (даже человеку среднего роста приходится наклоняться). Эти перестройки, по-видимому, заняли 4 года, так как заново освящен Владимирский придел был только в 1836 году. Борис Николаевич, предпринявший обновление храма, продолжал пополнять художественную коллекцию отца, хотя это был скорее умелый хозяйственник, что благоприятно сказалось на быте поместий и живших там крестьян. Его благотворительность, особенно в годы эпидемии холеры и страшного неурожая 1834-1835 годов, стяжала ему славу филантропа.
В 1849 году Борис Николаевич скончался и был погребен в склепе рядом со своей супругой Параскевой Павловной в северо-западной части четверика. Их останки находятся там и сейчас. Они были открыты при разборке полов и, после служения панихиды, с честью заложены той самой первоначальной литой плитой, на которой написано: «Со святыми упокой».
Важным моментом в строительной истории Спасской церкви явился 1850 год, когда при Н.Б. Юсупове (внуке знаменитого князя) был составлен проект нового южного придела во имя Св. Николая Чудотворца, значительно увеличившего церковное пространство. Сохранились проектные чертежи этой постройки, подписанные архитектором Василием Дрегаловым (возможно, крепостным Юсуповых), работавшим в это же время и на строительстве московских домов князя. Проект был утвержден Московской Духовной Консисторией 4 мая 1850 года. Облик нового придела был решен весьма тактично. По плану он был симметричен северному приделу и также устроен одноглавым. Только арочная форма окон отличает его от прежних построек, где они завершаются клинчатыми перемычками. Печи, устроенные в нем у южной стены в алтаре и трапезной были отделаны белыми, без рисунка, изразцами с клеймом "Власов. Москва", фрагменты которых найдены под полом советских времен. Новый придел был освящен в 1853 году во имя святителя Николая.
Во второй половине XIX века храм, как и в прежние годы, оставался вотчинной, усадебной церковью владельцев села князей Юсуповых. В 1859г. ими была построена богадельня во имя св. вмц. Татианы "для призрения дворовых людей", а в 1863г. - церковно-приходская школа.
На плане усадьбы конца XIX – начала XX века под церковью и богадельней значится 1075 квадратных сажений, под постройками причта 1725 кв. сажений (около 7855 кв.м.), под кладбищем 1006 саженей (около 4581 кв. м). В самом начале ХХ века появилась роспись стен церкви: в северо-западном углу четверика - в уровне верхнего света - сохранился фрагмент зеркала с растительным орнаментом. Это можно также наблюдать на фотографии внутреннего убранства Владимирского придела, где на своде и арках видна живопись. Иконостас храма описывается как состоящий из пяти ярусов, без колонн. Возможно, это был первоначальный тябловый иконостас 17 века. Однако, в это время имение Спасское-Котово, вероятно, теряет значение в глазах его хозяев. По воспоминаниям Ф.Ф. Юсупова (последнего владельца), в последний раз посетившего Спасское в 1912г., оно уже находилось в запущенном состоянии.
В 1934 году храм был закрыт. С этого времени начинается его активное разрушение. Помимо разграбления церковной утвари, были уничтожены все купола, колокольня от яруса звона, декор окон. Многие двери превращены в окна, окна пробиты в проходы, а в Никольском приделе прямо на Горнем месте появилось окно. Высота помещения разделена на 2 этажа деревянным перекрытием. Все здание снаружи покрыто цементной штукатуркой, внутри окрашено масляной краской. Храм "утонул" в бетонной отмостке, местами заасфальтированной. С трех сторон храм окружили утилитарного вида пристройки. На месте великокняжеской усыпальницы появилась угольная котельная, из которой в пробитые стены протянулись трубы водяного отопления. С юга выстроено огромное двухэтажное здание, опирающееся прямо на стену Никольского придела. За 60 лет в таких условиях кирпичная кладка местами пришла в негодность на всю толщину (более 1 метра). Церковные помещения занимали поочередно спичечная, пуговичная фабрики, мыловаренная мастерская. Потом здание заняла областная типография.
В 1991 году настоятелем храма был назначен священник Алексей Шурупов. В это время мало что напоминало в здании типографии церковь. Новой общине типография уступила одну из своих комнат. Это была часть Владимирского придела. Первое богослужение в нем было совершено 8 сентября 1991 года, в день иконы Божией Матери "Владимирская". Первое время службы проходили под шум типографских станков. С большой неохотой постепенно удалились и печатники, оставив нам требующий срочного реставрационного вмешательства храм (горожане, ежедневно проходившие мимо, даже не предполагали, что истинное назначение этих убогих промоченных стен быть "домом Божиим"). Единственным местом, подходящим для совершения служб, был изуродованный Никольский придел. Затем стало возможным расширить служебное пространство в пристройку, созданную типографией.
За 4 года уровень земли был опущен до древнего основания храма и проведены необходимые реставрационные работы. К 1996 году купола увенчались золотыми Крестами, и восьмого же сентября - в день Престольного праздника - новые колокола "вернули храму голос", а вскоре он украсился мозаиками, выполнеными под руководством диакона Дмитрия Котова.
31 мая 1998 года Спасский храм освящал владыка Григорий, епископ Можайский и рукоположил во пресвитера диакона нашего прихода Александра Телешева. Через 3 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий освятил и Никольский придел. Тогда отец настоятель был возведен в сан протоиерея.
Среди святынь храма есть Казанская икона Божией Матери, которая обильно мироточила в середине 1990-х годов. А также иконы с мощами свт. Игнатия Брянчанинова, бл. кнн. Петра и Февронии, бл. кн. Даниила Московского, свт. Спиридона Тримифунтского, прав. Иакова Боровичского, прп. Нила Столобенского.
По материалам сайта храма Спаса Нерукотворного в Котове http://spas-neru.orthodoxy.ru