В советские времена храм в честь Святой Равноапостольной Марии Магдалины свою деятельность осуществлял в доме, купленном у семьи Ворожейкиных в 1940-е годы. Дом Ворожейкиных был расширен за счет другого дома, прихожанки Н.Логиновой, которая передала свой дом в пользу храма в 1960-е годы. На этом месте храм и находится теперь.
До середины 1980-х годов новое здание все перестраивалось и расширялось. Купол и колокольню построил священник отец Александр. Своим оформлением храм обязан церковному художнику Станиславу. Иконы для новой церкви писал и псаломщик П.Левчин.
В ночь с 17 на 18 января 2005 года в храме возник пожар. Основное здание храма и правая сторона дворовых построек, где проживали монахини, сгорели. Тогда же, в январе 2005 года, сохранившееся помещение крестильной комнаты при помощи прихожан было переоборудовано под помещение для церковных служб. Благодаря прихожанам и жертвователями утварь и иконы были куплены.
Для строительства новой церкви власти Худжанда выделили полгектара земли рядом с православным кладбищем. По благословлению Его Высокопреосвященства, митрополита Владимира Ташкентского и Среднеазиатского и при поддержке Российского Консульства был проведен конкурс на проект здания нового храма. Победила работа архитектора В.Канаева.
В октябре 2008 года по инициативе мэра Москвы Юрия Лужкова попечительский совет храма получил из российской столицы церковную утварь и элементы внутреннего убранства церкви на сумму около шестидесяти тысяч долларов.
http://archive.li/Y0okp#selection-889.0-889.215