Закладка церкви была совершена 30 мая 1898 года. Церковь построена в 1899 году, во время проведения железной дороги от Самарканда до Андижана. 30 ноября 1899 года состоялось освящение новопостроенного храма. Освящение места при закладке храма и самого построенного храма совершил благочинный ташкентских церквей, настоятель Спасо–Преображенского собора протоиерей Константин. Храм предназначался для окоромления железнодорожных служащих и многочисленных рабочих, строивших пути сообщения в Туркестанском крае.
Благовещенская привокзальная церковь была приписана к станции «Ташкент» Оренбург-Ташкентской железной дорог. Церковь сооружалась на пожертвования строителей и служащих железной дороги, железнодорожных подрядчиков и фирм, а также частных лиц, среди которых особо был отмечен «потомственный почетный гражданин» Е.А. Орехов. Строительством церкви руководил инженер А.И. Урсати, ему же принадлежала идея ее возведения. Автор проекта и производитель работ — Георгий Михайлович Сваричевский.
Здание церкви, сложенное из кирпича, на фундаменте из булыжного камня, имела цоколь, обложенный тесаным камнем, и было покрыто крышей из оцинкованного железа. Снаружи и внутри отделано алебастровой штукатуркой. Церковь построена в псевдорусских формах. Однокупольный храм в виде корабля в сочетании с высокой колокольней, расположенной при входе. На колокольне имелось восемь колоколов, больший из которых весил шесть тонн.
Образа иконостаса выполнены сёстрами Московского Новодевичьего монастыря. Ореховый иконостас освещался обильным огнем восковых свечей и, кроме того, был залит электрическим светом, исходящим из множества красных и белых лампочек, которые точно также украшали и стены просторного и высокого алтаря. В середине с купола свисала большая изящная люстра, у входа висела люстра меньших размеров, а по бокам и внутри алтаря имелись канделябры. Это был единственный в то время в Туркестанском крае храм, имевший электрическое освещение. Церковная утварь, хоругви, паникадила — замечательной отделки, серебряные, вызолоченные — были выписаны из Центральной России.
При храме была открыта церковноприходская школа для детей тех, кто трудился на железных дорогах. Вокруг храма был разбит тенистый сквер.
В 1900 г. настоятелем церкви назначен священник Федоров Василий Иванович (1864-1906).
В 1906 г. сформировали отдельный железно-дорожный благочиннеческий округ из церквей: Ташкентской вокзальной церкви, вагон-церкви Оренбург-Ташкентской железной дороги, вагон-церкви Мургабской ветки, Казалинской вокзальной, Казанджикской вокзальной, и Асхабадской при техническом железно-дорожном училище. Ташкентская Благовещенская привокзальная церковь стала центром особого «благочиния железнодорожных церквей», куда вошли приходы, расположенные по линиям Оренбург-Ташкентской и Закаспийской железных дорог.
На должность железнодорожного благочинного хотели назначить священника Ташкентской вокзальной Благовещенской церкви Василия Федорова. На вакантное место настоятеля Ташкентской вокзальной Благовещенской церкви назначен Андреев Михаил Михайлович. Он был настоятелем привокзальной Благовещенской церкви г. Ташкента с 1 января 1907 по 1923 г. В 1907-1918 гг. являлся благочинным сначала железнодорожного благочиния, затем Ташкентского железнодорожного благочиния и, наконец, благочиния железнодорожных церквей Туркестанской епархии.
В привокзальной церкви с пятидневной публичной проповедью и полемикой с сектантами выступал глава антисектанской комиссии (создана в 1911 г) о. Василий Ильин. За время проповедей на беседах побывало до двенадцати тысяч человек.
В августе 1923 г. церковь была взята под контроль обновленцами. Закрыта властями после 1932/33 г. В середине 1930-х гг. снесена.
Книги: По стопам Апостола Фомы. К истории христианства в Средней Азии.
