Старинное поморское село Верховье (до 1917 года - Верховское) раскинулось на правом берегу реки Мудьюга, в 8 км от впадения её в губу Сухое Море. Село являлась центром Мудьюжского прихода, а её приходские деревни, стоящие на Зимнем берегу Белого моря, до 1920-х годов входили в состав Патракеевской волости Архангельского уезда.
Основание села, согласно преданию, относится ко второй половине XV века, когда на реку Мудьюгу пришли три родных брата, бежавших из Новгорода от гнева Царя Иоанна III Васильевича. Здесь, видимо, уже проживали чудские племена. Когда появились еще пришлые люди и население увеличилось, была проведена перепись, при этом трём братьям дали прозвища: Безбородый, Морозов и Негодяев. И долгое время земли, принадлежавшие братьям, назывались Безбородовской, Морозовской и Негодяевской вотчинами.
О дате постройки первого в селе храма документы пока не найдены. Известно, что он был деревянным и посвящён в честь святителя Николая Чудотворца. В конце XVI века по благословению Преосвященного Варлаама, митрополита Новгородского и Великолуцкого, в селе была построена новая Никольская деревянная церковь, которая простояла совсем недолго и сгорела в 1597 году. Новый Никольский храм был построен в 1599 году, который простоял в селе более 150 лет и был разобран по ветхости в 1764 году.
Ныне существующая в селе Верховье четвёртая по счёту Никольская деревянная церковь была построена в первой половине 1760-х годов и освящена 6 декабря 1764 года. Имеющаяся в ряде источников информации датировка храма 1746 годом, думаю, является ошибочной, либо эта дата указывает на освящение места и начало строительства церкви.
Однопрестольная летняя церковь по своей конструкции относится к крещатым круглым "от пошвы" храмам, основной объём которого первоначально был крыт рубленым шатром (не сохранился), а боковые прирубы были крыты бочками с полицами, в ХХ веке заменённые на двускатные каскадные кровли. С западной стороны постройка была охвачена пониженным притвором (не сохранился). В 1845 году сруб храма был скрыт под унылой тёсовой обшивкой. 18 июля 1890 года было дано разрешение епархиального начальства на капитальный ремонт церкви. Она была поднята на 2 ряда природного белого камня. 24 сентября 1895 года обновлённый храм был освящён. Никольская церковь закрыта не позже 1930-х годов и разорена. В конце 1980 - начале 1990-х годов планировалось её перевезти в музей "Малые Корелы". Специалисты успели разобрать только верхнюю часть храма (шатёр), на этом работы и завершились.
В селе не позже XVI века была построена зимняя деревянная Успенская церковь. На протяжении веков она несколько раз перестраивалась, горела и вновь строилась заново. Последний, ныне существующий Успенский храм построен из кирпича в 1884 году на средства купца Ивана Ивановича Антуфьева и других благотворителей. Отдельно стоявшая деревянная шатровая колокольня была построена в 1755 году (утрачена в ХХ веке).
С утратами в 1989 и 1994 годах однотипных церквей: однопрестольного храма Рождества Пресвятой Богородицы села Заостровье бывшего Шенкурского уезда (ныне - Виноградовский район) и трёхпрестольного храма Рождества Пресвятой Богородицы на Верюжском Введенском погосте бывшего Вельского уезда Вологодской губернии (ныне - Устьянский район Архангельской области), Никольский однопрестольный храм села Верховье в настоящее время является единственным представителем некогда большого семейства XVII-XVIII веков северных крещатых круглых храмов, увенчанными шатрами, а прирубы - бочками. Поэтому постройка нуждается в безотлагательной реставрации и надлежащем уходе.