Первое упоминание о храме относится к 1628 году. Тогда в Сынково была выстроена деревянная церковь Иоанна Богослова с приделом во имя свт. Николая архиепископа Мир Ликийских. В окладных книгах Патриаршего приказа 1628 года записано: "Церковь Ивана Богослова в вотчине Петра Мансурова, в селе Медведкове, а Сынкове тож, декабря в 13 день на нынешний 136 (1627) год, по жалованной несудимой грамоте, вдвое дани 16 алтын, наместничьих 6 алтын, заезда 2 алтына взято, платил поп Евтихий".
В 1755 году в прошении на имя императрицы Елизаветы Петровны испрашивалось благословение на строительство новой церкви вместо старой и очень обветшавшей. Новый деревянный храм был построен в 1757 году. Этот храм просуществовал до 1892 года, когда во время Великого Поста, 29 марта, во время службы, в церкви произошёл пожар, от которого он полностью сгорел. В связи с этим трагическим событием, а также в связи с увеличением жителей села Сынково, в 1893 году на месте сгоревшей церкви возвели сельчане временный деревянный храм. Колокола в это время размещались на четырёх деревянных столбах. Церковь была однопрестольной, во имя Иоанна Богослова. Проект деревянного храма составил архитектор Н. Марков.
2 сентября 1899 года местный причт обратился к митрополиту Московскому и Коломенскому Владимиру (Богоявленскому) за благословением на постройку новой церкви на 400 человек. После положительного решения, полученного из Московской Духовной консистории, был объявлен сбор средств на строительство каменного храма. Быстро помогли в этом богоугодном деле неравнодушные благотворители. В конце 1899 года были закончены работы по архитектурному проектированию здания, и, уже 18 июня 1900 года церковь была заложена. Рядом со строящимся храмом, ещё в 1893 году была построена церковно-приходская школа. Новопостроенная церковь во имя Иоанна Богослова была освящена в 1906 году.
Храм задумывался архитектором Садовниковым Николаем Михайловичем как храм псевдовизантийского стиля, но по разным причинам не все авторские задумки смогли быть воплощены в камне, и основная красота, присущая византийским храмам, осталась лишь на проектных эскизах. Это был его первый проект столь важного и величественного во всех отношениях здания. Иоанно-Богословский храм выполнен в стиле эклектики: одноглавый, крестово-купольный с трапезной, в которой устроены приделы в честь иконы Божией Матери "Взыскание погибших" и cвт. Николая Чудотворца, с папертью на которой возвышается небольшая колоколенка со звонами. Первым настоятелем храма, строившим его, вкладывавшим свою душу в это творение, был протоиерей Владимир Алексеевич Косинский. К сожалению, участь многих храмов печально известной послереволюционной эпохи не миновала и Иоанно-Богословский храм.
25 августа 1922 года в храме села Сынково проведено изъятие ценностей. Всего вывезено 10 серебряных предметов, общим весом более 13 фунтов. В феврале 1926 года верующие подали заявление о регистрации религиозного общества в селе Сынково. Настоятель церкви, о. Владимир хоть и не был репрессирован, дожил до преклонных лет и был похоронен на сельском кладбище в 1942 году. А вот сын, тоже священник, Иоанн Косинский, был расстрелян в 1938 году на Бутовском полигоне, пополнив собой список тысяч новомучеников российских, канонизированных сегодня РПЦ. Церковь всё же была закрыта в 1928 году. В период с 1928 по 1993 год, в здании храма располагались по очереди, мельница, игрушечная фабрика, картонажный цех. Колокольня была разрушена, внутреннее пространство храма было разделено перекрытиями на три этажа. Дважды, после 1975 года, в зданни бывшей церкви случались пожары, которые окончательно уничтожили настенные росписи и привели к полной потере изначальной кровли храма. Ржавая табличка на стене, свидетельствующая, что "памятник архитектуры охраняется государством", являла собой пример циничной насмешки этого самого государства над своей историей и культурой. На старой фотографии, представленной в фотогалерее в тамбуре храма, можно видеть трубы от печей каждого этажа и внешнюю лестницу на второй этаж обезглавленного храма.
В 1992 году храм был передан православной общине. С 1993 по 2010 гг. храм пережил своё второе рождение. Приходской совет спешил приложить все усилия к воссозданию красоты внешнего и внутреннего облика сынковского храма, задуманного дореволюционым архитектором. При этом учитывались особенности уже существующих храмов, построенных в византийском и псевдовизантийском стилях. За образцы брались храмы Греции и Сербии, а также Свято-Иоанновский монастырь на Карповке в Санкт-Петербурге. Огромная заслуга по восстановлению памятника зодчества принадлежит подольскому архитектору-дизайнеру Ивану Маратовичу Зябину - автору проекта реставрации, которая длилась с 1993 по 2010 годы. В 2001 году удаётся восстановить колоколенку.
В 2006 году при проведении реставрационных работ в алтаре храма под престолом была найдена известняковая плита с рельефным четырёхконечным крестом и медной табличкой на ней, на которой было написано, что сей храм был сооружен при царствовании Благочестивейшего Императора Николая Александровича и Митрополите Московском и Коломенском Владимире в год от Рождества Христова 1900, 18 июня. К 2010 году восстановительные работы завершены полностью, храм обрёл новые архитектурные элементы. При подъезде к селу угадываются две главки этого величественного храма, не характерного для средней полосы России, а уже приблизившись, путник видит уникальную его рустовку и полуциркульные световые окна этой необычной церкви, выстроенной на подмосковной земле.
С сайта: podolskoe-blago.ru/xramy/ioanno_bogoslovskij_xram_1900 и https://bogoslov-hram.ru/hram/history