Деревянный храм во имя Троицы Живоначальной по благословению Патриарха Московского и всея Руси Адриана в селе Шаболово был основан в 1722 г., в связи с увеличением прихожан к храму возводится пристройка, в которой размещают придел во имя Покрова Пресвятой Богородицы. К 1744 г. деревянный храм сильно обветшал. В 1745 году архиепископ Московский и Владимирский Иосиф разрешает разобрать старую деревянную церковь и на ее месте построить более обширную каменную. Снос старого храма и возведение на его месте нового занимает 2 года (1745-1747 гг.).
Освящение каменного храма состоялось 15 февраля 1747 г. Отделка и благоустройство храма продолжались до 1790 г., отделка внутреннего убранства храма завершилось к 1786 г., иконостас окончательно доделали к 1787 г., а стопудовый колокол повесили на колокольне только в 1790 г. К середине XIX века храм вновь оказался мал. В 1827 г. был начал сбор пожертвований на перестройку церкви. По проекту, разработанному архитектором Николаем Ильичем Козловским в 1837 г., было решено разобрать малую колокольню и на ее месте построить два новых придела. Летом 1840 г. построена колокольня и приделы, 1841 г. выполнена внешняя отделка, в 1842 г. внутренняя, окончательно все было завершено к 1843 г. 7 ноября 1843 г. освещение храма произвел Митрополит Московский и Коломенский Филарет. В 1866 г. художники Грибков и Голованов выполнили роспись храма. В 1885 г. начался сбор пожертвований на строительство нового храма. Настоятель Василий Руднев на собственные средства заказал проект храма архитектору Николаю Васильевичу Никитину. 19 мая 1885 г. началось строительство нового храма, которым руководил архитектор Михаил Павлович Иванов. Храм освятил 21 сентября 1896 г. Митрополит Московский и Коломенский Сергий.
В 1930 г. храм закрыт. До уровня первого яруса снесена колокольня, разобран шатер храма. В заднии размешен клуб. Возвращен РПЦ в 1993 г.