Первые известные нам поселения на территории, примыкающей к современной деревне Нифантово, имелись еще в каменном веке: в 1930-е гг. на размытом берегу, напротив данного населенного пункта, было найдено несколько каменных орудий. Сейчас они хранятся в Череповецком краеведческом музее. Позднее на этом месте было селище эпохи раннего металла. Сама же деревня Нифантово (Нифонтово) впервые упоминается в древних летописных источниках еще в 1485 году. В XVI веке населенный пункт пришел в полное запустение. Об этом факте мы узнаем из «Писцовой книги езовых дворцовых волостей Белозерского уезда», составленной в 1585 году: «Пустошь, что была деревня Нифонтово на реке Шексне. Пашни перелогом середние земли 2 десятины да лесом поросло 22 десятины в поле, а в дву по тому же. Сена пожни 2 десятины да на реке Шексне на Нифонтовских исадех на реке Боженке 3 десятины. А вытеи 4 выти». Несмотря на сложность написания древнего текста, мы все же можем увидеть, сколь удручающе выглядела эта деревня на стыке XVI и XVII веков. А в начале XVII века Нифантово вновь заселяется людьми. Деревенские крестьяне занимались хлебопашеством, маслоделием, дровяной промышленностью. Многие из местных жителей строили суда: полулодки, унжаки, тихвинки. Некоторые мужчины промышляли судоходством: нанимались лоцманами и судорабочими, водили баржи в Рыбинск и Ярославль, тащили по туерам суда от Череповца до Белозерска. Избы в деревне были белыми и курными. Большинство крестьян являлись православными и были приписаны к Устье-Угольскому приходу. Главные православные праздники в Нифантове: престольный - 21 июля («Казанская»), обещанный - 10 августа («Смоленская»). Легенда, передаваемая из поколения в поколение, гласит, что в середине XIV века пришел сюда, в дремучие новгородские леса, монах (священник) по имени Нифонт со своими сыновьями. И так понравилось им высокое место над рекой Шексной, что решили они обосноваться здесь навсегда. Около родника выстроили новоселы свои дома. Много позднее жители деревни воздвигли деревянную часовню, освященную во имя Преподобного Нифонта-бесопрогонителя.
После 1930-го года, в рамках борьбы с религией, деревенская часовня была разобрана. Вновь отстроенная, она возродилась к жизни 21 июля 1999 года. Сюда же возвратилась и старинная икона Преподобного Нифонта-бесопрогонитенля, сохранившаяся у Е.Бухониной - одной из местных жительниц. Рядом с часовней располагается колодец с «бассейном». Новая часовня освящена в честь преподобного Нифонта Телеговского, Устюжского. О житии данного святого нет других сведений, кроме известия о том, что он основал в 1553 году в Красноборске Троицкий Телегов монастырь, располагавшегося в 70 верстах от Великого Устюга. Монастырь сей был упразднен в 1764 году. Ныне там находится лишь приходская Троицкая Телеговская церковь.
