В 1380 году ростовский инок Стефан пришел на устье Выми и положил начало просвещению и христианизации зырянского народа. Четыре года спустя он становится во главе Пермской Епархии. Благовещенский храм, построенный на одном из холмов, превратился в кафедральный собор новой епископии. По кончине Святителя Стефана его подвижническая деятельность осталась в памяти народной. В 1549 году Стефан Пермский был причислен к сонму общерусских святых. Один из приделов Собора Преображения на бору в Москве был посвящен св. Стефану Пермскому.
Первое упоминание Стефановского храма в Усть-Выми относится к 1608 году, когда на городище стояла церковь Стефана Великопермского Чудотворца древяна клетцки. Храм находился на Благовещенском холме, недалеко от того места, где святитель основал первый на земле Коми храм. Из-за частых пожаров, охватывавших Усть-Вымь, деревянные храмы были недолговечны.
В писцовой книге Яренского уезда 1629 г. Стефановский храм имеет шатровое завершение, а в переписной книге 1646 г. он опять клетский. Предшественница современной каменной, деревянная церковь построена после пожара 1660 года по храмозданной грамоте архиепископа Вологодского и Великопермского Маркелла. Этот храм простоял больше других, но и он стал жертвой губительного пожара 1740 года. Со второй половины XVIII века на Усть-Выми начинается каменное строительство. В 1711 году вместо деревянной строится каменная Вознесенская церковь, а в 1733-1746гг. — Благовещенский храм. Эти церкви возводились приглашенными русскими мастерами.
В начале 1750 гг. жители Усть-Выми получают храмозданную грамоту на строительство одноэтажной каменной Стефановской церкви, приписанной к Благовещенской. Строительство каменного храма впервые осуществлялось руками местных мастеров. В мае 1754 года между церковным старостой Михеем Тыриным и устьвымскими крестьянами Петром Пешкилевым, Василием и Иваном Тренькиными, Василием Белоруковым, Степаном Кожуховым и Иваном Тыриным был заключен договор о заготовке и обжиге кирпича.
В 1755 году был заложен фундамент и начата кладка стен. Весной 1756 года подряд на строительство храма получил крестьянин Василий Яковлевич Белоруков за 30 рублей. Этот подрядчик по каким-то причинам не успел докончить храм, и в мае 1759 года подряд взяли Григорий Тренькин, Филипп Логинов со товарищи. К сентябрю 1759 года храм был возведен под своды, а в 1760-1761 гг. достроен и выбелен.
В 1767 г. артель устьвымских мастеров взяла подряд на пристройку к храму паперти с двумя входами с южной и с северной стороны. Паперть была выстроена в течение года. Приписной однопрестольный храм был освящен во имя св. Стефана. Храм неоднократно поновлялся, а в 1893 г. к паперти с западной стороны была пристроена крытая галерея длиной в 18 саженей.
В 1926 году под предлогом малой посещаемости приход Стефановской церкви был закрыт, а в начале 1930-х годов здание на долгие годы было изъято у общины верующих и передано под хозяйственные нужды (Склады) обосновавшегося неподалеку управления Усть-Вымлага. После постройки в середине 1930-х годов специальных складских помещений в церкви оборудовали сельское пожарное депо, для чего была разобрана крытая галерея и паперть, а также ярусное завершение храма, а на его месте устроена деревянная вышка.
С декабря 1988 года после передачи здания церкви общине верующих, Стефановский храм стал считаться приписным к Спасо-Преображенской Айкинской церкви. Прихожане своими силами провели косметический ремонт здания, восстановили алтарь и иконостас, внутренний интерьер сохранившихся помещений церкви. 15 сентября 1989 г. здание было переосвящено под прежним наименованием. С 1996 года Стефановская церковь в бессрочном безвозмездном пользовании вновь возобновленного Усть-Вымского мужского Михайло-Архангельского монастыря. 8 мая 1996 года — накануне 600-летия со дня блаженной кончины Стефана Пермского в монастырской церкви провел службу Патриарх всея Руси Алексий II.
Церковь Стефана Пермского — первый каменный храм, построенный местными коми-мастерами. Одна из немногих церквей XVIII века, сохранившихся на территории республики. Памятник расположен на историческом месте, связанном с христианизацией и просвещением народа Коми в XIV — XV вв. И деятельностью св. Стефана Пермского, Просветителя Зырян — крупнейшего русского миссионера.
Источник: http://www.komi.com/culture/monuments.asp?i=2026&p=36 (состояние на 2012 г.)