Деревянная Вознесенская церковь была построена на территории Каргопольского Святодуховского монастыря. О том когда она была построена история умалчивает. Известно лишь то, что этот храм был одним из двух церквей монастыря и имел теплую трапезную. При этом сам четверик храма был отделен от трапезной стеной, примерно как в церковь Иоанна Златоуста в Саунино. Велика вероятность, что в теплой трапезной располагались ещё 2 придела (?). В 1680 г. монастырь был упразднен и превращен в приход. К 1734 г. примыкающая к храму теплая трапезная пришла в негодность и была разобрана "за ветхостью".
Тут надо уточнить, что теплые деревянные трапезные приходили в негодность значительно раньше самой церкви, так как в них сложнее обеспечить вентиляцию деревянных конструкций, присутствие сажи и копоти тоже не способствует долговечности дерева. По этой причине печи, если они устраивались, делались в трапезных - берегли храм. Трапезные по ветхости разбирали, и рубили на их месте новые... Так было сделано, например, в уже упомянутой церкви Иоанна Златоуста в Саунино. Но в Вознесенской церкви решили поступить по-другому, и поменяли деревянную трапезную на каменную. Приделы стали располагаться с северной и южной стороны от трапезной. Северный придел был сделан несколько меньше южного. Приделы отличались не только размерами. В северном приделе было сделано одно окно, а в южном два (что весьма логично с точки зрения энергосбережения). Отличается у них и конструкция сводов: северный придел был перекрыт четырехлотковыми сводом, южный- коробовым. Приделы имели самостоятельные входы с улицы. Каждый из приделов был увенчан главкой.
Спустя 17 лет, в 1751 г., деревянная церковь также была разобрана и заменена каменною. Новый четверик с апсидой практически полностью повторяет композицию боковых приделов: наружные стены также лишены декора, скреплены в углах лопатками и прорезаны проемами окон без наличников. В отличие от приделов, четверик получил пятиглавое завершение и квадратный план. Северный и южный фасады четверика получили по два окна, сильно вытянутых по вертикали пропорций и имеющих по фасаду прямые перемычки. Они сдвинуты от центральной оси к востоку, из за примыкания приделов. Эти окна, как и деревянные части карнизов, являются результатом позднейших ремонтов.
Интересно, что в интерьере храма сохранился штукатурный декор, тянутые профили которого отмечают основание кладки четырехлоткового свода и членят его поверхность, придавая ей 12-частную структуру, что является творческим переосмыслением "неба" первоначальной деревянной церкви.
В XX в. церковь сильно пострадала: до войны была разрушена трапезная. А уже в конце 70-х г.г. церковь лишилась апсиды северного придела и всех глав. Были растесаны оконные и дверные проемы храма и приделов.
Источники: ИИАК., 1914, Вып. 52; Алферова Г.В. Каргополь и Каргополье. М., 1973 г.; Паспорт объекта культурного наследия: http://kulturnoe-nasledie.ru/monuments.php?id=2900000780