В центре здания, во 2-м этаже Николаевской мужской гимназии, была устроена церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Проект богадельни с церковью были изготовлены архитектором И. Монигетти в 1859 году.
Еще в 1864 году Царскосельский купец Петр Тимофеевич Дылев по подписке согласился устроить в церкви резной иконостас с двумя киотами по рисункам арх. Видова к 15 июля 1860 года. Но 17 марта 1865 года была оформлена новая подписка с Дылевым на изготовление иконостаса по другому плану и рисунку архитектора. Кроме этого, Дылев изъявил желание все лепные работы по оформлению интерьера церкви произвести за свой счет безвозмездно в виде пожертвования для общественной пользы. Работы эти были сделаны только в 1870 году за счет средств Царскосельской Ратуши. Все иконы в церковь написаны академиками Кириллом Антоновичем Горбуновым и Алексеем Ивановичем Травиным под наблюдением арх. Видова.
Церковный интерьер имел богатое оформление орнаментальными росписями с византийскими мотивами по рисункам арх. А. Ф. Видова. Живописные работы в интерьере церкви в 1870 году выполнил художник Кох. В апреле 1866 года Общественное Собрание постановило обратить строящееся здание под гимназию.
Строительные работы, из-за отъезда И.А. Монигетти из Царского Села, были возложены на архитектора Александра Фомича Видова. Они завершились в 1870 году. 8 сентября 1870 году новое двухэтажное здание мужской гимназии было торжественно открыто в присутствии Императора Александра II и лиц Императорской Фамилии. После речи директора присутствовавшие на акте открытия перешли из залы ратуши крытым ходом в гимназическую церковь, еще не освященную по неготовности церковной утвари и убранства.
Православную церковь устроили на пожертвования граждан-учредителей гимназии, других лиц и учреждений по приглашению педагогического совета. Его представителями выступали директор гимназии действительный статский советник И. И. Пискарев и протоиерей Царскосельского Екатерининского собора А. А. Ветвеницкий — первый настоятель гимназического храма и законоучитель гимназии.
Для быстрейшего освящения церкви были собраны многочисленные пожертвования на сумму более 15 000 рублей. Основным жертвователем выступил ктитор гимназической церкви купец 1-й гильдии И.Ф. Громов, в числе других крупных жертвователей врач гимназии Ф.Ф. Жуковский-Волынский, А. С. Белозеров, А.В. Баранов, Н.Т. Богаткин, П.П. Тихонов, Б.Ф. Якобс, А.А. Ильин, А.М. Варшавский, И.С. Комаров и многие другие. Кроме денежных средств собранных по подписке, финансовые поступления шли от благотворителей, в том числе от членов Императорской фамилии.
2 января 1872 года из часовни городского госпиталя в гимназическую церковь в торжественной обстановке был перенесен походный престол Екатерины I, который потом был отреставрирован. Престол составлял главную достопримечательность церкви, он был перенесен в госпитальную церковь из сгоревшей от удара молнии в 1728 году Благовещенской церкви. Престол состоял из двух частей. Верхняя часть представляла собой квадратный ящик для ковчега с частицею святых мощей и доски с надписью об освящении храма. Нижний постамент имел четыре апокалиптические символа евангелистов, с открытыми книгами св. Евангелия, поддерживающее ящик. Ящик связан на шипы из сосновых досок с верхнею доскою целиком из дуба. Символы евангелистов резные из липового дерева: с передней стороны, справа символ евангелиста Иоанна, слева символ евангелиста Матфея, с задней стороны — справа символ евангелиста Марка, слева символ евангелиста Луки. Символы укреплены в постаменте и кругом вызолочены; верхняя доска постамента также вызолочена. Из двух названных частей престола только одна верхняя облачается одеждою; нижняя часть открыта, и хотя она от времени и обстоятельств несколько пострадала, но недавно, под руководством и наблюдением академика Видова, реставрирована и вновь вызолочена.
И лишь спустя два года после открытия гимназии, 29 октября 1872 года, она была освящена митрополитом Новгородским и Санкт-Петербургским Исидором (Никольским) в сослужении епископа Выборгского Палладия (Ганкевича), во имя Рождества Пресвятой Богородицы, а не как предполагалось первоначально во имя Святителя и Чудотворца Николая, так как день открытия гимназии 8 сентября 1870 года совпал с этим церковным праздником и с днем рождения в Бозе почившего цесаревича Николая Александровича, в честь которого она была названа Николаевской.
Построенная в греческо-византийском стиле, она имела в плане вид креста. Доминантой ансамбля являлся купол церкви в романском стиле, возвышающийся на углу Малой и Набережной улиц. Основание храма, завершенное куполом, получило форму овала в плане. Его очертания повторены в плане притвора, также овальном. Роль паперти храма играла расширенная площадка сквозного гимназического коридора, выходившего к лестнице и главному подъезду. Ризница помещалась в первом этаже и соединялась с алтарем винтовой лестницей. Помещение ризницы освещали 4 небольших "половинных" окна, сделанные на подобие бойниц в толще стен. На отдельной звоннице, находящейся в слуховом окне с тыльной стороны здания, помещались 5 колоколов (наибольший из которых весил 11 пудов 37 фунтов).
Церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы находилась на втором этаже гимназии и занимала всю ее центральную часть. В отличие от других домовых церквей, размещенных в одном или нескольких приспособленных под эти функции залов, церковь Николаевской мужской гимназии была построена как единый объем. Монигетти оформил фасады в одном стиле: первый этаж был украшен «алмазным» рустом, а окна второго этажа обрамлены византийскими колонками и треугольными сандриками. Внутри церковь состояла из трех частей нишеобразной формы: алтаря, храма и притвора, отделенных друг от друга арками. Через большие деревянные створные двери с накладными резными калевками и застекленными створками и верхними фрамугами посетитель попадал из общего коридора в помещение притвора. Притвор имел в плане прямоугольную форму с двумя конхами на торцевых сторонах, перекрыт цилиндрическим сводом в центральной его части.
Сам храм был перекрыт центральным куполом, опирающимся на круглый барабан, прорезанный сдвоенными византийскими окнами. К центральному объему также примыкали две конхи большего диаметра. В верхней части барабана размещались хоры на кронштейнах с металлической решеткой. Алтарь помещался в выдающейся на восток части здания 4-х угольной формы с двухскатной кровлей. Помещение алтаря, прямоугольное в плане, было перекрыто сомкнутым сводом. Все эти помещения между собой были разделены подпружными арками. Внутри храма карнизы были выложены, как и на фасадах, из кирпича, положенного плашмя в 3 ряда. Пол был выложен дубовым щитовым паркетом в шашку, солея с клиросами и алтарем находились три дубовые ступеньки. Клиросы и само центральное помещение храма отделялись от притвора дубовой резной решеткой с геометрическим рисунком.
Двухъярусный резной иконостас с двумя киотами был выполнен из американского ореха царскосельским купцом П.Г. Дылевым по плану в рисунку академика Видова. Возможно, рисунок иконостаса был снят архитектором с одного из древних храмов на Окном берегу Крыма. Высота иконостаса 2 сажени, ширина около 3 саженей. Весь фон иконостаса был вызолочен и имел трое врат, над Царскими вратами в центре был помещен деревянный резной крест. Иконы храма написаны художниками К. А. Горбуновым, В. В. Васильевым и А. И. Травиным на полотне по золотому фону и помещались в изящных резных ореховых киотах. Его нижний ярус был украшен иконами Спасителя и Богородицы, Св. Николая Чудотворца и св. Благоверного князя Александра Невского, выполненные на меди по золотому фону. В верхнем ярусе находились иконы меньшего размера: "Тайная вечеря" и мученицы София, Вера, Надежда, Любовь. Кроме этого имелись в церкви иконы: "Благовещение" и четыре Евангелиста, выполненные на меди по золотому фону. Маслом на холсте были написаны "Распятие", "12 Апостолов", "Архангел Михаил" и "Архангел Гавриил". Еще один образ Св. Николая Чудотворца на кипарисовой доске в серебряной вызолоченной ризе находился в алтаре. Особую ценность представлял находившийся в алтаре огромный запрестольный образ Спасителя на Престоле в виде Великого Архиерея, исполненный в византийском стиле известным живописцем В. В. Васильевым.
Две большие священно-исторические картины "Спаситель, Благословляюищй детей" и "Вход Господень в Иерусалим" являлись даром Наследника Цесаревича Александра Александровича (будущего Императора Александра III). Обе эти картины были вставлены в резные рамы из американского ореха, выполненные мебельным мастером П.Зальбургом. Написаны они были в 1872 году по заказу в Императорской Академии Художеств художником Н.К. Бодаревским и помещались за клиросами в двух внутристенных нишах, одна против другой.
Потолок и стены церкви были окрашены клеевою краской и орнаментированы трафаретной живописью геометрических орнаментов в древнерусском стиле по рисункам А.Ф. Видова. Изображений на них не было, кроме изображений Духа Святого в виде голубя и четырех надписей в храме под куполом над престолом, составленных из евангельских изречений. Отапливалась церковь двумя голландскими изразцовыми печами, расположенными в конхах притвора или двумя пневматическими печами нижнего этажа, размещенными прямо под церковью. Из алтаря в ризницу, помещавшуюся в комнате нижнего этажа, вела круглая деревянная лестница. Храм освещался большим паникадилом в 72 свечи и малым в 36 свечей. Многочисленные лампады, канделябры и подсвечники были выполнены из бронзы и вызолочены в византийском стиле мастером Блюмом по рисункам академика Видова. Серебряные, вызолоченные напрестольные кресты и священно-служебные сосуды в 3-х экземплярах, были сделаны фабрикантами Сазиковым и Верховцевым. Основная часть церковной утвари была пожертвована горожанами Царского Села (самым значительным был вклад коммерции советника И.Ф. Громова).
Церковь вначале была приписной к царскосельскому Екатерининскому собору. С 1877 года церковь получила самостоятельное устройство: её штат состоял из настоятеля в лице законоучителя гимназии и псаломщика в сане диакона; чтение и пение, а также и другие церковно-служебные обязанности, исполнялись учениками гимназии. Содержание церковного штата осуществлялось из специальных средств гимназии, благоустройство и благолепие самого храма гимназии взял на себя церковный староста, потомственный почетный гражданин Дмитрий Абрамович Уконин.
Обязанности попечителя церкви с 1872 года исполнял действительный статский советник Илья Федулович Громов. На должность священника с марта 1878 года был определен кандидат С.-Петербургской духовной академии и на протяжении 29 лет — с 1878 по 1907 гг. — настоятелем церкви являлся протоиерей Александр Васильевич Рождественский. При церкви существовал состоявший из учеников хор. Пение, чтение и служба в алтаре, как и пение в церковном хоре, осуществлялись воспитанниками гимназии.
Церковь была закрыта в 20 апреля 1922 года. Вскоре после прихода к власти большевиков в здании бывшей гимназии была открыта 1-я Детско-сельская трудовая школа I и II ступени. Как явствует из архивных документов, иконостас храма, большой образ Спасителя, Крест-Голгофа, 15 различных образов, находившихся на стенах храма, были «сданы администрации школы», остальное церковное имущество в марте 1923 года было отправлено в г. Троцк (Гатчину) Отделу Местного Хозяйства Троцкого Уездного Исполкома. Другая часть, включая иконостас храма и большой образ Спасителя, были сданы администрации школы.
5 декабря 1928 года инспектор СОЦВОСа Детскосельского Уотнароб Александров подал Записку в Ленинградский ОКРОНО, в которой говорилось: "Кроме того, в бывшем помещении церкви при школе, вследствие низкой температуры и не возможности натопить помещение, произведено перекрытие купола, большая кубатура которого сильно поглощала тепло, которое в настоящее время будет использовано как столовая для горячих завтраков, по вечерам же будет служить клубом. Здесь же устроен громкоговоритель. Зав. общим отделом Александров». В 1931 году школу передают под Педагогическое училище. После войны в здании находилась Санаторно-лесная школа. В 1970-х гг. в бывшем помещении церкви, где 4 декабря 1909 года было совершено отпевание Анненского, была закрашена вся настенная живопись, а купол перекрыт железобетонным перекрытием, исказившим внутренний облик храма.
С 1986 по 1989 гг. в помещении гимназической церкви размещался Кукольный театр «Деревянная лошадь» под руководством талантливого кукольника Игоря Фокина. Затем в здании церкви был склад.
В октябре 2006 года были начаты переговоры между благочинным Царскосельского округа и тогдашними владельцами здания, в результате которых была достигнута договоренность о возобновлении Богослужений в домовом храме. 24 января 2007 года на куполе благочинием был установлен деревянный восьмиконечный крест. 25 января 2007 года благочинный Царскосельского округа протоиерей Геннадий Зверев совершил малое освящение церкви и она открылась на недолгое время для прихожан.
В 2010 году здание было закрыто на ремонт и открылось после реставрации в апреле 2013 года, за исключением помещения церкви, на которую средств у руководства города и Минкульта не нашлось. Поэтому сейчас вход в помещение бывшей церкви закрыт.
По современным российским законам, церковные службы не могут вестись в помещении, находящемся в одном здании с детским учреждением и не имеющем отдельного входа с улицы. Таким образом, жизнь этой церкви как действующего православного храма невозможна — вход в церковь всегда был и остается со второго этажа здания. Но у руководителей центра есть представление, как уважительно и исторически приемлемо использовать после реставрации помещение храма — по проекту реконструкции оно будет использовано как выставочные площади и здесь должен разместиться Музей Императорской Николаевской Царскосельской гимназии, одна из экспозиций которого обязательно расскажет и историю храма, и историю религиозного воспитания в Николаевской гимназии и в гимназиях дореволюционной России.
По материалам: https://tsarselo.ru/yenciklopedija-carskogo-sela/adresa/naberezhnaja-12-cerkov-rozhdestva-presvjatoi-bogorodicy.html