28 марта 1991 года был воссоздан Никольский приход. В возвращённом Церкви здании был вновь устроен храм во имя святителя Николая Чудотворца, который стал центром духовной жизни города. С 14 августа 1991 года в домовом Никольском храме совершались регулярные богослужения, заработала воскресная школа.
Тем временем 14 апреля 1991 года в городском сквере, на месте разрушенного собора, был воздвигнут крест с надписью о предстоящем воссоздании порушенного храма. Два года шли работы по подготовке строительства. Проект собора был разработан группой проектировщиков под руководством архитектора В.Б. Свинцицкого. В качестве основы проекта были использованы фотографии старого собора. Основной задачей проектировщиков и строителей было предельно точно воссоздать облик прежнего храма, и с этим они справились.
12 сентября 1993 года при стечении тысяч верующих был заложен первый камень на месте восстановления собора. Молебен с чином на основание собора совершили митрополит Ставропольский Гедеон и епископ Пермский Афанасий в сослужении большого сонма духовенства. В службе принимали участие представители администрации, казачества, армянской и грузинской общин города, патриарх Московский и всея Руси Алексий в своём послании передал благословение. В ознаменование этого события на Крестовой горе города был вновь установлен деревянный крест, освященный в 1998 году.
При администрации Кавказских Минеральных Вод 19 августа 1994 года создан Попечительский совет по обеспечению поддержки и развития Русской Православной Церкви в регионе. Председатель попечительского Совета глава администрации Кавказских Минеральных Вод Алексей Викторович Кулаковский изыскал средства на строительство собора и призвал руководство городов-курортов участвовать в возрождении православных храмов. По решению главы города Кисловодска В.Г. Бекетова были сняты налоги с выполняемых работ. Объединение тепловых сетей проложило бесплатно 23 м теплотрассы. Строителями СМУ-17 возводилась надземная часть. К лету 1995 года высота стен собора достигала уже 15 метров. Однако, в 1996 году строительные работы стали замедляться. Из-за недостатка средств первоначальные планы о завершении работ к 1998 году пришлось изменить. Несмотря на то, что финансирование из федерального бюджета было прекращено, строительство не останавливалось.
20 мая 1997 года на фасадах храма установлены три большие иконы на медных пластинах в технике эмали соответствующие трем престолам собора: святителя Николая Чудотворца, благоверного великого князя Александра Невского и святителя Алексия, митрополита Московского. Избрание святых, во имя которых были освящены приделы, было обусловлено тем, что они являются небесными покровителями патриарха и митрополита, способствовавших возрождению собора. В день престольного праздника 22 мая 1997 года впервые с начала возрождения настоятель храма протоиерей Иоанн Знаменский совершил праздничную Божественную Литургию, за которой последовал многолюдный крестный ход. 25 ноября были освящены и установлены на звоннице три больших колокола, а 29 декабря того же года восстанавливаемый храм увенчался первым куполом.
В 1999 году 7 февраля была совершена первая Божественная Литургия в нижнем храме собора, освященном во имя новомучеников и исповедников Российских. 25 февраля, в четверг первой седмицы Великого поста, на храм был водружен главный купол с крестом, 22 мая того же года впервые День города был приурочен к престольному празднику собора. Регулярные богослужения в верхнем храме начались с Пасхи 2000 года.
Возведение ограды собора завершилось водружением купола на главные ворота 21 июля 2002 года. Великим постом 2005 года бригада художников под руководством Н.М. Вдовкина завершила установку надпрестольной сени, а в начале 2006 года Вдовкин начал работы по росписи алтаря. 3 декабря 2006 года была завершена кладка гранитных полов. В декабре 2007 года завершилась роспись алтаря и была установлена ограда солеи всех трех алтарей. После Рождества Христова 2008 года началась роспись подкупольной части.
22 мая 2008 года совершилось великое освящение собора. Чин совершили митрополит Калужский Климент и архиепископ Ставропольский Феофан с сонмом духовенства при стечении тысяч верующих. Послание к участникам торжеств направил патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
В возрожденном Никольском соборе был сохранён от храма-предшественника трехапсидный крестообразный пятиглавый план со шлемовидными куполами и арочной формой фасадов. В архитектуре собора много необычных особенностей. Метровая толщина стен обусловлена большой высотой здания. Для увеличения несущей способности, по краям выполнена кирпичная кладка, а внутри - монолитный железобетон. Центральный купол опирается не на четыре колонны как обычно, а на полуарочные конструкции, что позволило увеличить площадь зала. Три висячих балкона опираются на 14-метровые балки, представляющие собой одновременно перила и опоры перекрытия. Фундаментом здания служит монолитная железобетонная плита, которая опирается на сваи. Общий вес собора - 18 тонн. Высота - 54 метра, соразмерно окружающей высотной застройке. Собор рассчитан вместить 3 500 человек.
Свято-Никольский собор в Кисловодске поражает каждого не только своим внешним видом, но и своим внутренним убранством. Своды и стены храма украшены изображениями из библейских сюжетов, которые можно долго разглядывать и восхищаться.
Изначально Никольский собор сделан трехпрестольным. За центральным престолом, освященным в честь Николая Чудотворца, сооружен грандиозный четырехъярусный иконостас. Лики святых на нем оплетены золочеными ажурными элементами. У престолов святителя Алексия и святого князя Александра Невского имеются свои иконостасы меньшего размера. Все это потрясает прихожан своей красотой. Икона Святителя Николая Чудотворца с частицами его мощей - является главной и основной святыней Свято-Никольского храма. Икона чудесным способом сохранилась после разрушения прежнего храма. Она считается чудотворной, к ней постоянно идет поток прихожан и паломников.
Хронология главных событий:
20 мая 1997 г. - установлены три главные иконы, выполненные в технике эмали на медных пластинах.
22 мая 1997 г. - проведена первая Божественная Литургия, а также праздничный крестный ход.
25 ноября 1997 г. - освящены колокола звонницы.
29 декабря 1997 г. - водружен первый купол.
7 февраля 1999 г. - совершена первая Литургия в нижнем храме.
Пасха 2000 г. - начались регулярные богослужения.
21 июля 2002 г. - воздвигнут купол над аркой главных церковных ворот.
22 мая 2008 г. - состоялось освящение Свято-Никольского собора.
2012 г. - завершен цикл работ по росписи алтаря, стен, запрестольных и подкупольных пространств.
19 декабря 2013 года митрополит Челябинский и Златоустовский Феофан совершил малое освящение храма в честь Новомучеников и исповедников Церкви Русской.
http://drevo-info.ru/articles/22308.html; http://www.tourister.ru/world/europe/russia/city/kislovodsk/temples/25318 и другие источники