Самым известным Никольским храмом Ново-Николаевска является часовня на его главном проспекте - Николаевском. 20 июля 1914 г. на пересечении Николаевского (ныне Красного) проспекта и ул. Тобизеновской (ныне Горького) состоялся торжественный молебен и была заложена часовня во имя Святителя и Чудотворца Николая и в память 300-летия Дома Романовых. Строительство было инициировано благотворительным обществом «Ясли» и благочинным городских церквей Гавриилом Даниловичем Маштаковым, осуществлялось при поддержке городского управления, но во многом на деньги жертвователей [Зайцев, 1993б, с. 78-79]. Администрация города выделила бесплатное место для строительства и отпустила кредит в виде 50 000 штук кирпича, цемента и других строительных материалов. Наиболее крупными жертвователями были М.Л. Вишняков, давший 25 000 штук кирпича, В.Н. Цевловский - 1000 штук, З.М. Джурич - 1000 пудов извести, Д.Е. Барабанов - железо на крышу, И.М. Некрасов - кресты на купола [Проект часовни...].
Кирпичная кубическая однокупольная часовня была спроектирована в духе псковско-новгородских храмовых построек XIV–ХV в.в. с характерной главкой. Северный фасад здания (со стороны улицы Тобизеновской) имел выступающий перспективный портал с внешней лестницей. Над входными дверями в нише было изображение св. Николая Чудотворца. С южного фасада размещался памятный текст, а вверху - живописное изображение Христа и двух поклоняющихся ему учеников. Часовня имела подвальное жилое помещение, исполнявшее и функции «сторожевской».
К возведению Николаевской часовни причастны очень многие люди. Есть версия, что проект и смета строительства были безвозмездно составлены известным архитектором А.Д. Крячковым, правда, подтверждений этому пока не обнаружено [Поповский]. Архитектор и краевед К.П. Зайцев, не приводя источников, но ссылаясь на документы Томской техническо-строительной комиссии, утверждает, что проект принадлежал мещанину Мирону Мироновичу Панину. Расчеты проводил городской архитектор Федор Фридрихович Рамман, а руководил строительством известный колыванский мещанин, инженер-строитель церковных зданий Илья Семенович Дуров. Отделочные работы выполнял опытный мастер Ефим Иванович Васюков, знающий секреты штукатурных растворов в сибирских условиях. Но на полное оформление наружных стен часовни средств не хватило, и какое-то время она оставалась не расписанной с южного фасада [Зайцев, 1993 г., с. 78-79].
Протоиерей Диомид Чернявский, будучи председателем правления общества «Ясли», взял на себя внутреннее устройство часовни. В этом деле ему помогали городской голова Алексей Григорьевич Беседин, купец Гавриил Данилович Маштаков и начальница приюта «Ясли» Мария Васильевна Востокова.
30 октября 1914 г. Томская техническо-строительная комиссия разрешила проект к строительству с рядом замечаний, и 27 октября 1915 г. здание часовни было принято по акту. В честь этого события епископ Томский и Алтайский Анатолий подарил часовне икону Святителя Николя с частицей мощей. Присланная поездом икона была встречена протоиереем Диомидом Чернявским, на один день принесена в вокзальную церковь, на другой день в храм св. Александра Невского, а 6 декабря, в день памяти Святителя Николая, икону внесли в новую часовню. После этого часовня была освящена. Но и после этого часовенная икона св. Николая продолжала «путешествовать». 30 декабря 1915 г. епископ Анатолий благословил иеромонаху Алексию хождение с ней для молебнов по домам жителей г. Ново-Николаевска. В часовне также продавались духовные книги, иконы. Доходы от продаж поступали в детский приют «Ясли».
В 1919 г., во времена Гражданской войны, Никольская часовня стала самостоятельным приходом, протоиерей Виталий Мальгинов стал ее настоятелем.
При Советской власти вопрос сноса часовни вставал не раз. В частности, известный сибирский писатель Вивиан Итин акцентировал его еще в 1925 г. на первом Съезде Советов, призвав назвать наш город «Ново-Ленинском, постановив заодно уничтожить стоящую против Дома Ленина Николаевскую часовню и воздвигнуть там памятник Ильичу» [ГАНО. Ф. Р-47. Оп. 1. Д. 1, Л. 8]. И вот 9 октября 1929 г. Новосибирский окрисполком постановил снести часовню, «учитывая пожелания трудящихся масс и считаясь с благоустройством города». 15 января 1930 г. протоиерей-обновленец Николай Николаевич Хрущев, служивший ранее в Николаевской церкви с. Бугры и ставший к тому времени председателем исполнительного органа Сибирской религиозной общины Новосибирска, получает постановление Сибкрайисполкома о сносе Никольской часовни. 29 января 1930 г. часовня была разрушена. Перед этим все имущество, включая икону св. Николая, из часовни вынесли, и дальнейшая судьба его неизвестна. На месте часовни поставили памятник комсомольцу-молотобойцу, но через несколько лет его заменили статуей И.В. Сталина. Октябрьской ночью 1961 г. в дни работы внеочередного XXII съезда КПСС памятник Сталину демонтировали.
В 1991 г. состоялась торжественная закладка камня в основание новой часовни. Новой как в территориальном плане (новое здание было отнесено к югу, потому что на месте старого уже был вырыт подземный переход), так и в архитектурном, поскольку новая часовня представляла собой не копию, а авторскую реконструкцию первоначального здания, выполненную новосибирским архитектором Петром Александровичем Чернобровцевым. Внутренние росписи в ней исполнил известный художник-монументалист Александр Сергеевич Чернобровцев, автор памятника сибирякам-участникам Великой Отечественной войны в сквере Славы и панно в сквере Героев революции в Новосибирске.
Новая часовня возродилась на более высоком архитектурном уровне. Известный новосибирский архитектор И.В. Поповский так описывает суть изменений: «У современного объекта значительно крупнее "главка", поэтому здание видится более массивным и соответственно - величественным, не теряя при этом канонической стройности. Такое укрупнение "главки", а также размещение часовни на возвышенном постаменте (стилобате - И.Г.), привело к тому, что совсем небольшое по размерам здание стало соответствовать масштабу крупного мегаполиса».
И.К. Голодяев "Никольские церкви Ново-Николаевска". Новосибирский национальный исследовательский государственный университет. Баландинские чтения. 2017 г. т. ХХI.