История христианских храмов города Нарыма уходит корнями в самое начало XVII века. Когда в 1601 году Нарымский острог получил статус города, то в одной из его башен была основана часовня. В 1610 году Из Москвы приходит царский наказ: поставить в городе церковь. В 1612 (или в 1618) году, стараниями воеводы Мирона Тимофеева сына Хлопова был возведен храм Покрова Пресвятой Богородицы с приделом в честь Василия Великого. По преданию, убранство для новой церкви прислал недавно взошедший на престол Михаил Федорович Романов. Первый причт направил в Нарым архиепископ Сибирский и Тобольский Киприан. Этот храм сгорел в во время пожара 1619 года, уничтожившего немало зданий в Нарыме.
В 1632 году церковь заново отстроили. В конце XVII века перестроена в собор Всемилостивого Спаса с нижними алтарями Покрова Пресвятой Богородицы и святого Василия Великого. Как и все здания города, храм был деревянный. Долгое время этот собор был центром духовной жизни Нарыма. Но место, выбранное для него, оказалось неудобным. Быстрое течение местных рек и проток, мягкость почв, широкие разливы постоянно создавали угрозу для здания. В 1734 году Безымянная протока разрушила часть сооружений Нарымского кремля, в том числе – и Спасскую церковь. Вместо нее в 1737 году начинает возводиться новая, соборная церковь, в которой восстановлены все престолы. Она была сооружена по благословению архиепископа Тобольского и вся Сибири Антония. В 1775 году храм капитально ремонтируется и повторно освящается. Но вскоре река смывает это строение. В 1780 году по благословению Преосвященного Варлаама, епископа Тобольского и Сибирского тщанием горожан начинается строительство каменного собора, законченное к 1788 году.
Постепенно Спасская церковь утрачивает свое главенство. Судьбу храма определило место расположения: Безымянная протока по-прежнему подмывала берега. В 1831 году (по Клировым ведомостям за 1860 г.) церковь была упразднена, причт «уничтожен», то есть переведен в Крестовоздвиженский собор. С той поры в церкви числятся 2 придела: освященные в честь Покрова Пресвятой Богородицы и Василия Великого. Храм стал своего рода церковным музеем и архивом. Окончательное закрытие церкви с передачей ее имущества «кроме иконостаса» в Крестовоздвиженский собор произошло в 1883 году. В 1887 году святые мощи из-под престолов и антиминсы взяты Преосвященным Макарием в бытность его в г. Нарыме и лично переданы о. ключарю Томского кафедрального собора.
Вода постепенно подмывала берег, церковь ветшала. В 1916 году епископ Томский и Алтайский Анатолий озаботился состоянием храма, были произведены обмеры здания, епархиальный архитектор Н.В. Баумгартен и губернский архитектор А.И. Лангер получили задание разработать проект укрепления берегов Безымянной Протоки. Но шла I Мировая война, потом грянула революция, Гражданская война… Стало не до разрушающегося храма. Сейчас место, на котором стоял Спасский собор - под водой.
http://museum.fondpotanin.ru/projects/9448847/diary/9913720