При отступлении французской армии из Смоленска в ноябре 1812 года по приказу Наполеона были подведены мины под все башни крепостной стены с целью уничтожения их. Французский император заявил, что не хочет, чтобы смоленские стены вновь задержали его при вторичном походе на Россию. Но взорвать успели лишь восемь башен, в том числе и Молоховские ворота; остальные были спасены солдатами 20-го егерского полка майора Горихвостова, занявшего город после оставления его неприятелем.
Возрождение города после сожжения его французами шло трудно. Значительные изменения начали происходить лишь после назначения гражданским губернатором Н.И. Хмельницкого в 1829 году, которому в том же году удалось привлечь внимание посетившего наш город императора Николая I и добиться ссуды в 1 миллион рублей.
Во время посещения города государь выразил пожелание, чтобы храм, возводимый на месте взорванных Молоховских ворот, как можно больше соответствовал крепостной стене. На его сооружение император пожертвовал 7 тысяч рублей и разрешил использовать камни с разрушенных участков крепости. К постройке церкви приступили в 1832 году. Из-за нехватки средств строительство продвигалось медленно, и было завершено лишь благодаря добровольным пожертвованиям жителей города; 25 июля (ст. ст.) 1840 года храм освятили в честь Благовещения Божией Матери, в память того, что находившаяся над Молоховскими воротами икона Богоматери после взрыва башни была найдена невредимой.
Высота ворот с церковью до креста составляла 19,5 сажени (почти 40 метров), основание квадратное. Внизу располагалась часовня. Фасад представлял собой четырёхугольную одноглавую башню с зубцами и проездными воротами. В день бракосочетания наследника цесаревича Александра II, 16 апреля 1841 года, жителям города был прощён долг, выделенный на восстановление. В 1936 (37) г. башня с церковью была разобрана при работах по перепланировке площади Смирнова.
«У молоховских ворот» Л. Степченков
Молоховские (Малаховские, Молохвинские) ворота. Год постройки: 1595. Архитектор: Федор Конь.
Одна из несохранившихся до наших дней башен и ворот Смоленской крепостной стены. Молоховские ворота находились в центре северной части нынешней площади Победы, между Моховой башней и безымянной четырёхугольной башней. Изначально представляла собой четырёхугольную башню с проезжими воротами. После уничтожения старой башни на её месте была построена новая постройка, окончательно разрушенная в 1930-е годы.
Старая башня состояла из четырёх ярусов. Она имела шатровую кровлю, над которой была надстройка с набатным колоколом. Сквозной сводчатый проезд закрывался створками, а также башня имела калитку для пешего прохода. Молоховские ворота, наряду с Днепровскими (Фроловскими), были одним из главных путей въезда в Смоленск. От них начинались дороги на запад (Краснинская), юг (Киевская) и юго-восток (Рославльская). Башню прикрывал земляной бастион со рвом, через который был перекинут деревянный мост. На бастионе для обороны были установлены пушки. Также пушки располагались у самих ворот. Земляной бастион был срыт при постройке новой башни. Название башни происходит от направления пути из ворот в Молохвинскую (Молоховскую) волость, в которой находились реки Молохва, Молоховка и Молофа (ныне — территория Краснинского и Мстиславльского районов).
5 ноября (н. ст. 17 ноября) 1812 года Молоховские ворота были взорваны оставляющими Смоленск войсками императора Наполеона I. По указанию императора Николая I в 1833 либо в 1840 году на пожертвования смолян на месте ворот была построена новая башня, в которой были устроены проезжие ворота и пешие проходы по сторонам. Над воротами была построена надвратная церковь в честь иконы Благовещения Пресвятой Богородицы, которая стояла над воротами старой башни и после взрыва была найдена невредимой в куче мусора.
На нижнем этаже башни с 1915 года располагался Историко-археологический музей, который был переведён туда из здания городской думы, в которой он находился с 1888 года. В 1921 году музей был размещён на Соборной горе. В 1929—1930 годах в башне размещался антирелигиозный музей, также впоследствии переведённый на Соборную гору. Позднее здесь находился Западный областной музей и архив истории партии. В 1936 либо в 1937 году при перепланировке площади Смирнова (ныне — площадь Победы) башня с прилегающими пряслами стены была снесена.
Весной 2011 года при постройке подземного перехода на площади Смирнова были обнаружены остатки фундамента Молоховских ворот.