В эпоху Александра II широко создавались дома призрения, богадельни, учебные заведения, и их домовые храмы, освященные в честь тезоименитства императора, передавали эти богоугодные заведения под защиту святого Александра Невского. Таковой была домовая церковь при богадельне Московского мещанского общества на Покровской (Бакунинской) улице, где ее основала еще Елизавета Петровна, и посему она находилась под особым августейшим покровительством. Для нее выстроили собственное здание, и домовый храм был освящен в декабре 1858 г., а позднее устроили придел во имя св. Ксении, по именинам великой княжны Ксении Александровны, дочери Александра III.
Покровская богадельня, предназначенная для "престарелых и неспособных к труду мещан", была основана в 1840 г. и представляла собой одно из самых крупных учреждений такого рода в Москве (в начале XX в. число призреваемых превышало 1000 чел.). Ныне сохранился почти весь комплекс бывшей богадельни, закрытой в 1920-х годах. В советское время в здании находились квартиры, техникум, фабрика, техно-торговый центр.
Комплекс богадельни с храмом частично возвращен Русской православной церкви в 1998 г. По благословению Святейшего Патриарха Алексия II учреждено Подворье Патриарха Московского и всея Руси с храмом святого благоверного князя Александра Невского.