Надвратная Входоиерусалимская церковь Новоиерусалимского монастыря была построена в 1694-1697 гг. в одно время с мощной каменной оградой и башнями. До этого, при Никоне, монастырь был обнесён деревянной оградой с восемью шатровыми башнями. Четыре башни старой ограды стояли по углам, четыре между ними по сторонам света; проездные ворота находились в южной и западной башнях, а над северной был устроен колодец. Главный вход был там же, где и теперь - в восточной стене, а перед входом была большая площадь с гостевым домом для паломников. Первоначально надвратная церковь была деревянной и простояла недолго. Уже в нач. 1690-х годов стали возводить каменную ограду с новыми святыми вратами и храмом над ними. В 1690 году подряд на строительство стен, башен и надвратного храма получил зодчий Яков Бухвостов. Примерно в это же время артель Бухвостова взяла и другие подряды - на строительство Спасской церкви в Уборах и Успенского собора в Переславле-Рязанском (нынешней Рязани). Из-за нехватки времени Бухвостов едва не угодил в тюрьму, но в конце концов после благополучного разрешения конфликта с заказчиками передал новоиерусалимское строительство артели каменщиков костромского крестьянина Филиппа Ивановича Попуги "со товарищи", крепостных братьев Емельяна и Леонтия Михайловых.
Нарядная ярусная церковь с композицией "восьмерик на четверике" поставлена на широкие трёхпролётные святые ворота. У каждого пролёта - своё название: центральная арка - это Красные ворота, правая - Въездные врата, а в левой расположен вход наверх, в церковь Входа Господня в Иерусалим. Между центральными и правыми арками в толще стены в ХIХ веке были устроены две часовни и иконная лавка. Сейчас центральные Святые врата почти всегда закрыты, они используются для въезда транспорта, а вход для посетителей - через два боковых арочных проёма. Над Святыми (Красными) вратами, в треугольной нише на восточном фасаде второго яруса надвратной церкви находится восстановленное в 2012 году изображение Воскресения Христова - главного престольного праздника обители. Раньше ворота закрывались массивными железными створами с изображением Христа Спасителя на белом ослике в окружении Жён-мироносиц - сюжет входа Господня в Иерусалим. Между арочными проёмами ворот поставлены по паре колонн на пьедесталах; сами арки с внешней стороны поверху украшены зубчатым орнаментом. Надвратная Входоиерусалимская церковь имеет центрическую симметричную композицию. На четверике святых ворот монастыря поставлен четверик, окружённый по сторонам света симметричными полукруглыми выступами, образующими четырёхлепестковое основание храма. У четверика два ряда окон, украшенных резными барочными наличниками, ориентированными вертикально и придающими стройной высокой церкви ещё большую стройность и изящество. Окна светового восьмерика украшены уже значительно проще; два малых глухих восьмерика, поставленных на большой восьмерик, почти лишены декора - их украшают только небольшие колонки. Венчает высокую церковь удивительно пропорциональная глава луковичной формы, но не абсолютно круглая, а с гранями.
10 декабря 1941 года, немецко-фашисткие войска (сапёры 614-го полка дивизии СС "Райх"), отступая от Москвы, взорвали храм Входа Господня в Иерусалиме вместе с собором Воскресения Христова. Восстановление началось в 1970-1976 гг. под руководством сначала советского архитектора-реставратора А. Климанова, позднее - Г. Ларионова. В нач. 1990-х гг. в помещении бывшей церкви размещалась выставка икон Воскресенского собора ХVIII-ХIХ веков. Через Святые врата обители все, кто приходят в новый Иерусалим - паломники и туристы - входят в святую обитель как бы вслед за Христом Спасителем, вместе с апостолами и жёнами-мироносицами. Из глубины арочного проёма им открывается величественный вид главного храма монастыря - Воскресенского собора - подобие Иерусалима земного и образ Иерусалима Небесного.
В процессе ведения реставрационных работ в монастыре, начавшихся с конца 2008 года, надвратный храм стал первым восстановленным архитектурным объектом. Надвратная церковь Входа Господня в Иерусалим повторно освящена 5 ноября 2013 года Святейшим Патриархом Кириллом. Интерьер церкви ориентирован в высоту и прекрасно освещён. В храме воссоздан резной, вызолоченный, с красным фоном иконостас. Среди изобразительных мотивов резьбы привлекают внимания разнообразные плоды, в том числе гроздья винограда, гранаты, яблоки, смоквы. Это распространённые в искусстве Нового Иерусалима христианские символы. Иконостас, увенчаный Распятием с предстоящими, состоит из местного, праздничного, Деисусного, пророческого и праотеческого рядов. В киотах по сторонам местного чина помещаются иконы "Воскрешение Лазаря" и "Иисус Христос с учениками в доме воскресшего Лазаря". Эти образы изображают Евангельские события, которые предшествовали Входу Христа в Иерусалим и предзнаименовали жертвенную смерть Спасителя, Его погребение и Воскресение (Ин. 12:1-7). Все образы для надвратной церкви выполнены иконописцами Московского Зачатьевского монастыря под руководством Л.Н. Шеховцовой.
Из книги-путеводителя "Воскресенский Ново-Иерусалимский ставропигиальный мужской монастырь". Изд-во Паломник. Москва, 2017 г. и сайт: http://www.hramy.ru