В 17 веке село Подмошье было вотчиной Вознесенского Девичьего монастыря, «что на Москве, в Кремле городе, у Фроловских ворот». В селе была деревянная клетская церковь в честь Николая Чудотворца. После секуляризации монастырских земель в 1760-х годах село поступило в ведение Коллегии экономии как государственное. Существующая каменная церковь выстроена на месте деревянной церкви силами и средствами прихожан. Здание сооружено за два строительных периода. В 1819 году был выстроен основной холодный храм, и лишь в 1840-х годах возведены каменная тёплая трапезная и каменная колокольня. В конце 19 века был сооружен новый иконостас.
В начале 20 века производилась реконструкция храма, на месте тройного окна на южном фасаде трапезной устроены ворота, из восточного окна сделана дверь. Растесаны северное и южное окна нижнего четверика колокольни. В 1939 году Никольский храм был закрыт; богослужебная утварь и иконы разграблены, колокола с колокольни сброшены и разбиты. Судьба настоятеля и его семьи неизвестна. Длительное время храм использовался властями для хозяйственных нужд, а в конце 1970-х годов и вовсе был заброшен.
14 ноября 2000 года храм возвращён Русской православной церкви. Силами прихожан и местных коммерческих организаций проводятся реставрационные работы, что позволило возобновить богослужения. Интерьер и иконостас церкви не сохранились.
Из книги - Путеводитель. Дмитровский край. Из глубины веков до наших дней. Том 2. По Дмитровским дорогам. И/д «Вести», Дмитров, 2005г.
В 2013 году храм полностью отреставрирован и освящен Высокопреосвященнейшим Ювеналием, митрополитом Крутицким и Коломенским.