В 1658 году монах вновь восстановленного Болдинского Ильинского монастыря Геннадий (Дубенский) пишет икону Божией Матери названную Ильинской, спустя несколько лет прославившуюся чудотворениями. Почитание нового образа Пресвятой Богородицы росло день ото дня, многие исцелялись после молитвы перед ним, и вскоре небольшая Ильинская церковь уже не могла вместить всех тех, кто нёс свои скорби Пресвятой Богородице. В 1679 году тогдашний черниговский архиепископ Лазарь (Баранович) благословил строить новый соборный храм монастыря. Он должен был стать центром "наземного" монастырского ансамбля, расположившегося на некотором удалении от Болдинских пещер. Заложить собор заложили, но стройка в течение нескольких лет не могла сдвинуться с места - недоставало средств, казацкая старшина не готова была финансировать столь масштабное строительство. Только в 1688 году оно вошло в активную фазу, когда новоизбранный гетман Иван Мазепа лично выступил ктитором нового собора и выделил из собственных средств 10 000 золотых монет. Кроме того, он отписал на нужды строящегося собора все доходы с мельниц на реке Рети.
Строил собор Иоганн Баптист Зауэр - уроженец Кракова, архитектурной карьерой обязанный в основном Вильне, куда его пригласил великий гетман литовский Михаил Казимир Пац. Почему решено было вызвать для строительства храма в убеждённо-православном Чернигове носителя католической архитектурной культуры - не очень понятно. Однако Зауэр очевидным образом старался потрафить вкусам заказчика - владыки Лазаря, - и результатом этого старания стал синтез западноевропейской, древнерусской и украинско-барочной традиций. Завершилось строительство Троицкого собора в 1695 году. 20 июля преемник почившего владыки Лазаря архиепископ Феодосий (Углицкий) освятил собор. Торжественно перенесли в него Ильинскую икону Божией Матери, ради которой во многом и было предпринято это многолетнее строительство. Западная стена собора украсилась надписью о том, что храм возведён "коштом ясновельможного его милости пана Иоанна Мазепы, гетмана войск их царского пресветлого величества запорожского". Любопытно, что надпись эта сохранялась на своём месте в продолжении всего ХVIII столетия, хотя в 1708 году бывший гетман был анафематствован. Только в 1805 году её удалили в связи с поновлением собора, предпринятым при архиепископе Михаиле (Десницком). Освящение Троицкого собора, так долго и трудно строившегося, стало настоящим событием для Чернигова.
Монастырь, именовавшийся теперь Троице-Ильинским, получил новый центр. Хотя в Ильинском храме ещё совершались богослужения, но уже главная святыня обители Ильинская икона Пресвятой Богородицы, переместилась в новый храм, уведя за собой потоки богомольцев. Здесь, в Троицком соборе, она заняла самое почётное место. В соборе всех восхищал пятиярусный барочный иконостас, имевший более 20 метров в высоту и покрытый изысканной золочёной резьбой. К сожалению, до наших дней он не сохранился, сейчас в соборе установлен весьма скромный иконостас, изготовленный в послевоенные годы. В 1731 году в монастыре случился пожар, серьёзно повредивший купола и кровлю Троицкого собора. После пожара, монастырское руководство, "наскребя" немного денег, всего лищь покрыли главный купол да главки, венчающие башни по бокам главного фасада. Остальные купола "упразднили". А спустя некоторое время упразднили и сам монастырь. Произошло это в 1786 году, когда до Черниговщины докатилась общеимперская секуляризационная реформа. Здания монастырские планировалось передать под обустройство университета. Этой идеей загорелся светлейший князь Г.А. Потёмкин-Таврический, не раз бывавший в Чернигове. Ходили слухи, что смерть постигла светлейшего будто бы за то, что он велел снять с соборной звонницы самый большой колокол и отправить в свой екатеринославский дворец. Стать университетом Троице-Ильинскому монастырю так и не пришлось. Из Троицкого храма была перенесена чудотворная икона Черниговской Илиинской Божией Матери временно в Черниговский Елецкий монастырь, а для сохранения церковного достояния был учреждён военный караул. который существовал до 11 ноября 1790 г. В этом году сюда. в упразднённый монастырь переселился владыка. За четыре года "пустования" Троице-Ильинской обители её здания успели прийти в упадок. На их починку и приспособление под архирейские нужды ушло 5 000 рублей, полученных из казны по ходатайству генерал-аншефа М.Н. Кречетникова. Только в ноябре 1796 года тогдашний архиепископ Черниговский Иерофей (Малицкий) "переместился на новое место". В качестве кафедрального собора Троицкий храм просуществовал более ста лет. Мирное существование Троицкого собора продолжалось вплоть до революции. Затем вокруг него постепенно стало сжиматься кольцо враждебной действительности.
Здания бывшего архирейского дома постепенно отобрали в пользу советских учреждений (основную часть их занимал до войны черниговский зоотехникум). Сам собор оставался действующим до 1929 года. В 1941 году при оккупантах, из пропагандистских соображений проявлявших снисходительность к религиозным нуждам "аборигенов", Троицкий храм открылся вновь. Более того, вокруг него сложилась женская монашеская община, окормляемая прп. Лаврентием Черниговским. Интерьеры церкви пришлось "собирать" заново, поскольку ни прекрасного иконостаса, ни иных элементов былого богатства убранства в ней не сбереглось. Впрочем, основные ремонтные работы производили уже в послевоенное время (монастырские здания сильно пострадали во время бомбардировок в 1941 и 1943 годах). Следующее закрытие храма падает на хрущёвскую эпоху (1961). А в 1967 году комплекс Троицкого монастыря вошёл в состав Черниговского музея-заповедника, под опекой которого и пребывал до 1988 года, когда, после соответствующей реставрации, был передан Черниговской епархии и вновь стал архирейским домом. Богослужебная жизнь в Троицком соборе возродилась в год празднования 1000-летия Крещения Руси. Незадолго до того, в 1974-1985 годах, собор был реставрирован в первоначальных формах по проекту архитектора М.М. Говденко. В соответствии с первоначальным обликом храма восстановили его многолавое завершение, а также барочные фронтоны, венчающие западный, южный и северный фасады. С передачей собора Церкви он вернул себе значение главного храма епархии.
Из журнала "Православные Храмы. Путешествие по Святым местам". Выпуск №84, 2014 г.