В соборной двухэтажной Николаевской церкви в верхнем этаже находятся два престола: во имя святителя Николая и в честь Тихвинской иконы Божией Матери – холодные, а в нижнем этаже приделы: в честь собора Богоматери и священномученика Антипы – холодные. Год построения Николаевской церкви неизвестен.
В переписи 1628 г. сказано, что церковь во имя Николая чудотворца рассыпалась. Если речь идет, что всего достовернее, о той самой Николаевской церкви, которая существует и доселе, быв только возобновляема после 1628 г.; но она, очевидно, существовала задолго до 1628 г. и потом рассыпалась ли вследствие враждебных действий шведов, овладевших в 1611 г., под предводительством Делагарди, Ладогою и произведших в ней опустошения, или вследствие ветхости.
В первой половине XVI в. она уже существовала. Это видно из четырех древних антиминсов ее, из коих древнейший относится к 1541 г. Из антиминсов этих видно также, что в Никольской церкви между 1541 и 1668 гг. несколько раз происходили освящения, или, по крайней мере, перемена антиминсов, а именно: а) 1541г. мая 9 дня при благоверном князе Иване Васильевиче всея России и при архиепископе новгородском Макарии; б) 1566 г. июня 4 дня при державе благоверного царя, государя и великого князя Ивана Васильевича всея России, при преосвященном Пимене, архиепископе Великого Новгорода и Пскова; в) 1575 г. мая 8 дня, при благоверном царе и великом князе Иване Васильевиче всея Руси и при владычестве преосвященного архиепископа Леонида, Великого Новгорода и Пскова; г) 1668 г. декабря 6 дня, при благоверном государе царе и великом князе Алексее Михайловиче, всея великой и малой белой России самодержце, при благоверной царице и великой княгине Марии Ильиничне и при благоверных царевичах Алексее Алексеевиче, Федоре Алексеевиче, Симеоне Алексеевиче, Иоанне Алексеевиче и при благоверных царевнах, при патриархе Иоасафе московском, при новгородском митрополите и при настоятеле честной обители игумене Федоре с братьею.
Из развалин или во всяком случае из того неудовлетворительного состояния, которое характеризуется упоминанием о Николаевской церкви о рассыпавшейся, она воссоздана в XVI в. между 1628 и 1695 гг., вероятно, Антипой, одним из создателей монастыря. Затем из бумаг монастырского архива видно, что Николаевская церковь была поправляема в 1797 г. ладожскими гражданами, в 1835 и 1837 гг. на отпущенную из казны сумму 11 018 руб. 38 коп. ассигн. Также была поновлена при строителе Павле и позже при игумене Аполлосе, устроившем новый иконостас.
В 1841 г. 15 февраля была освидетельствована паперть, построенная с западной стороны соборной церкви, по утвержденному в совете министерства путей сообщения и публичных зданий по проекту 1 мая 1836. Настенная живопись соборной церкви произведена игуменом Аполлосом с разрешения преосвященного Нафанаила, епископа ревельского, 25мая 1848 г.
Придел в честь Тихвинской иконы Божией Матери устроен в 1695 г. из придела того же названия, перенесенного по приказанию преосвящ. митрополита новгородского Корнилия в Николаевский монастырь из Зеленецкого монастыря; в 1697 г. он был освящен. В 1761 г. 27 октября велено перекрыть крыши. В 1826 г. придел сей вместо деревянных стенок надстроен кирпичом и поднят выше; окна пробиты, кровля покрыта железом вместо проржавленной; пол кирпичный заменен досками и устроен иконостас с иконами. В 1865 г. проржавевшая крыша вновь перекрыта железом и окрашена медянкой.
Придел во имя священномученика Антипы существовал в верхней церкви за правым клиросом в столпе издавна до 1695 г. и, надо полагать, устроен неким Антипою – одним из воссоздателей монастыря. В 1827 г. за ветхостью и теснотою перенесен в нижнюю церковь вместо бывшей кладовой и освящен строителем Павлом 23 июня. В 1852 г. обновлен и 11 октября освящен игуменом Аполлосом.
Придел в честь собора Божией Матери в нижней, теплой церкви главный. Время устроения его неизвестно, но устное предание говорит: придел устроен в то время, когда, по изволению Божию, икона Собора Божией Матери по видению во сне одному больному путиловцу явила дары чудесные, избавив его от одра болезненного и преждевременной смерти.
Николаевский храм двухэтажный, об одной главе большой и малой, построен из кирпича с плитою, на фундаменте из булыжного камня. Общий вид его квадратный с тремя полукруглыми выступами (на восточной стороне) для алтарей. Кровля покрыта железом, на четыре ската и окрашена медянкою на масле. Купол круглый с грушеобразною главою, на коей утверждаются яблоко и восьмиконечный деревянный крест, обитый жестью, с четырьмя железными цепями. С северной стороны устроена каменная двухэтажная пристройка для придельных храмов, об одном круглом глухом куполе с грушеобразною главою, на коей стоит деревянный восьмиконечный крест, окрашенный белою краскою. Кровля на один скат покрыта железом и окрашена медянкою на масле. С западной стороны пристроена двухэтажная каменная паперть с кровлею на два ската. Кровля покрыта железом и окрашена медянкою на масле.
Длина соборного храма от выпуклости алтарных стен, вместе с пристроенною к нему папертью 11 саж. 8 вершк., ширина, вместе с пристроенными приделами и шатровым крыльцом 9 саж. 8 вершк., вышина до крыши 5 саж., а с главою до креста 11 саж. В северо-западной стороне церкви устроено открытое на две стороны шатровое крылечко, арки которого поддерживаются тремя колоннами. На площадку крылечка ведут с каждой входной стороны четыре ступени из путиловской плиты. От крылечка в верхний этаж проведена каменная в восемнадцать ступеней лестница. В северо-западной стороне верхнего этажа находится ризница; вход в нее из придельного храма.
В соборной церкви в верхнем этаже главный престол во имя святителя Николая Мирликийского чудотворца, а придельный – Тихвинской иконы Божией Матери. В нижнем этаже главный престол в честь Собора Божией Матери, а придельный – во имя священномученика Антипы. В верхнем этаже придельный храм и паперть соединяются с главным храмом каждый тремя пролетными арками. В главном храме в обоих этажах потолок со сводами поддерживается шестью массивными столбами.
В верхней церкви 23 окна: 4 – в куполе, 5 – в алтарях, 7 – в храмах, 2 – в ризнице и 5 – в паперти. Полы в алтарях, храмах и ризнице деревянные, окрашенные масляною краскою, а в паперти – из путиловской плиты. Полы в главном алтаре и у солей до средних столбов возвышены на три ступени. В нижнем этаже от входной двери начинается паперть и затем храм. Главный храм соединяется с придельными тремя пролетными арками.
В нижней церкви – 15 окон: 4 – в алтарях, 7 – в храмах, 3 – в кладовых и 1 – в паперти над дверью, полуциркульное. Полы в алтарях, храмах, паперти и в кладовых из путиловской плиты. Полы в обоих алтарях и солеях с клиросами возвышены на две ступени. По наружной стороне церкви, между окнами, по углам местами находятся широкие, слегка выдавшиеся пилястры. Кругом всего здания идет карниз. Стены оштукатурены и отбелены. На главе, по пояску и между окнами выделаны кирпичом треугольные впадины. Внутри главного верхнего храма стены оштукатурены и окрашены, а местами росписаны.
«Историко-статистические сведения о С.-Петербургской епархии». Издание С.-Петербургского Историко-статистического комитета. Выпуск 2, Санкт-Петербург 1871 г. Печатня В. И. Головина, Владимирская, дом № 15