В слободе издавна стояла деревянная приходская церковь, освященная во имя святого Трифона. С ее постройкой связан рассказ о царе Иване Васильевиче Грозном, охотившемся вместе с большой свитой в этих краях, болотистых и богатых дичью. В свите был и князь Трифон Патрикеев, державший любимого царева сокола и, как на грех, упустившего его во время охоты. Не миновать бы князю Патрикееву царского гнева, не сносить бы ему головы. Горячо молился князь перед небесными заступниками, прося помочь ему, и святой Трифон указал ему место, где найти сокола. Князь с торжеством возвратил сокола царю, а на том месте, где нашел его, соорудил храм во имя святого. В окрестностях села Напрудного действительно было много дичи, о чем свидетельствовал большой любитель соколиной охоты, царь Алексей Михайлович, охотившийся в этих краях, «промеж Сущова и рощи, что к Напрудному». Ранее на наружной стене церкви находилась очень любопытная фреска, изображавшая всадника на коне, держащего в вытянутой руке сокола. По преданию, она изображала святого Трифона, но в житии его, однако, ничего не говорится о том, что он увлекался охотой.
Первые достоверные указания на существование церкви в селе находятся в документах Патриаршего приказа за 1625 и 1626 гг., а в 1646 г. она упоминается уже как каменная: «Дворцовое Напрудное село, за Сретенскими вороты, на Переславльской дороге, подле Москвы, а в селе церковь мученика Трифона каменная». Однако есть сведения, что церковь была построена значительно раньше первых упоминаний о ней: при обследовании церкви в 1936 г. реставратор П.Д. Барановский обнаружил на южной стене надпись, которая может датироваться 1492 г., а по словам историка Москвы И.М. Снегирева, в церкви находились надгробия 1570 г. Судя же по документам и натурным обследованиям, церковь была сложена из тесаного камня в первой половине XVI в. и имела раннее покрытие по трехчастному своду, восстановленное уже в наши дни.
В XIX в. приход увеличивается, и церковь начинает перестраиваться: в 1825 г. с юга к церкви пристраивается придел св. Николая, в 1839 г. строится колокольня, в 1861 г. – северный придел во имя св. Филарета Милостивого, а в 1890–1895 гг. архитектор П.П. Зыков возводит высокую колокольню и обширную трапезную с приделами св. Николая Чудотворца и св. Филиппа Митрополита (освященными в ноябре 1896 г. и сентябре 1898 г.). Работы по исследованию и восстановлению первоначального облика памятника начались еще в 1920 г. Д.П. Суховым, потом они были продолжены П.Д. Барановским, С.А. Тороповым и Л.А. Давидом, который в тяжелые дни осени 1941 г. произвел обмер здания церкви. Сейчас ни колокольни, ни трапезной уже нет, осталась лишь изящная церковь, восстановленная полностью (гипотетична лишь форма звонницы) в 1948–1953 и 1970–1975 гг. В церкви хранилась икона, в которой были заключены несколько частиц от мощей св. Трифона, которые сохранялись в сербском городе Бака Котарская. В начале XIX в. мастер-серебряник Трифон Добряков пожертвовал туда серебряную раку, а в ответ сербский митрополит Петр Негош прислал ему три частицы мощей святого, которые мастер подарил императору Александру I; впоследствии они были вложены в икону, находившуюся в Трифоновской церкви. Теперь эта икона находится в церкви Знамения, «что в Переяславской слободе» (2-й Крестовский пер., 17).
Из книги О.Г.Гончаренко "Москва, которую мы потеряли", 2008 г.