Когда-то храм находился в самом центре города, и даже ведущая городская магистраль называлась в его честь – Большая Архангельская (ныне улица Ленина). Более трех столетий возносятся здесь молитвы к Создателю, кажется, что за витой церковной оградой дышит сама история. Здесь господствуют тишина и покой, и так привольно становится усталой душе. Храм пережил разные времена. Основанная в 1652 году первая деревянная церковь, сгоревшая от пожара и восстановленная вновь, разобрана была впоследствии ввиду ветхости.
В 1744 году прихожане стали хлопотать о строительстве нового каменного храма. По прошению их Митрополит Антоний распорядился выдать им шнуровую книгу для сбора денег на строительство. Через год храм заложили, в 1749 году построили нижний храм, а в 1759 году строительство завершили. Под карнизом церковного купола из изразцов выложена надпись: «Создася сей храм в честь Архистратига Божия Михаила и апостола Евангелиста Иоанна Богослова при державе великия Государыни нашея Императрицы Елизаветы Петровны и при наследнике ея императорского Величества, внуке Петра Перваго, благоверном Государе и великом князе Петре Феодоровиче и супруге его Великой княгине Екатерине Алексеевны, з благословением преосвященного второго Антония митрополита Тобольского и Сибирского; начася здатися тысяча семьсот четыредесять девятого году в бытность губернатора Алексея Михайловича Сухарева и старосты Дмитрия Худякова».
Церковь двухэтажная, с зимним и летним храмами. Построена по привычной для Тобольска трехчастной схеме, однако для подъема на второй этаж здесь устроена наружная лестница на аркадах. Сам вид этого храма создает особый молитвенный настрой, который еще более увеличивается с восхождением в верхнюю церковь. На открытую светлую галерею лестницы можно попасть из темной закрытой паперти, как бы из мрака – к свету. На втором этаже человек также попадал в затемненный ярус колокольни, из которого входил в низкую светлую трапезную, а затем – в залитый светом высокий летний храм, под куполом со светлым фонарем. Эти перемены света и тьмы приводили верующих в особое торжественное чувство церковного праздника и служили как бы прелюдией к молитве. Особое мастерство строитель Архангельской церкви проявил в рисунке ее ограды, состоящем из заглавных букв имени Архангела Михаила.
До советского периода в храме было три придела: во имя Архистратига Божия Михаила; во имя св. апостола Иоанна Богослова; во имя святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. Согласно справочной книге Тобольской епархии на 1 сентября 1913 года в приходе храма было 154 двора, прихожан мужского пола – 312, женского – 348, в штат входили священник и псаломщик.
После прихода к власти в Тобольске большевиков храм постигла участь всех православных церквей. Духовенство было репрессировано, а церковь разграблена и закрыта. Данные Тобольского архива позволяют проследить, хотя и со многими пробелами, историю ненадлежащего использования этого величественного храма. Закрыта церковь Архангела Михаила в 1930 году согласно постановлению Свердловского ВЦИКа от 29 декабря 1929 года. Храм силой изъяли у верующих.
После этого в здании храма располагался клуб «Строитель», где устраивались танцы, показывались фильмы. В 1939 году здание церкви Архангела Михаила было передано средней школе №1 для использования под ученические классы. Также известно, что в 60-х годах двадцатого века там находился пункт проката, затем – кинотеатр «Экран», а с начала 70-х до 80-х годов – швейный цех.
В 80-е годы искалеченный храм, пришедший в полное запустение, был передан на реставрацию. После реставрации власть планировала разместить в храме музыкальную школу. Но планы поменялись, и в 1986 году церковь Михаила Архангела, все еще находящуюся на реставрации, решено было передать под экспозиционные нужды музея-заповедника. Однако повсеместная заболоченность подгорных рек и повышенный уровень грунтовых вод не позволяли размещать экспонаты музея в храме из-за высокой влажности. Многие тоболяки восприняли этот знак как Промысел Божий: пришло время возрождать порушенные святыни.
1 ноября 1991 года Тобольский горсовет заключил договор о передаче храма в бессрочное и безвозмездное пользование Тобольско-Тюменской епархии. 12 сентября 1993 года в храме, пришедшем в ветхость, впервые после долгих лет забвенья протоиерей Михаил Князькин отслужил Божественную литургию, чем было положено начало возрождению духовной жизни храма. В это время начала формироваться церковная община из первых прихожан. Именно они своими руками, с любовью благоустраивали храм.
На первом этаже храма (второй этаж в стадии реставрации) регулярно проводятся Богослужения, идет полноценная церковная жизнь. Сейчас храм Архистратига Божия Михаила – единственная действующая церковь в подгорной части города. Настоятелем храма является протоиерей Константин Нагайцев.
Тобольско-Тюменская епархия http://www.tobolsk-eparhia.ru/p/blag/php/place.php?id=tob&id1=1&id2=2
